农村变社区后，原农村集体土地的管理部门主要取决于土地的性质和具体的管理安排，但通常涉及以下几个核心部门：

1. 自然资源部门（原国土资源部门）
   根据《土地管理法》及相关规定，自然资源部门是土地管理的主管部门，负责土地的规划、利用、保护和监督等工作。在农村变社区的过程中，如果原农村集体土地的性质未发生改变（如仍为集体建设用地或农用地），则一般由自然资源部门继续履行管理职责，包括土地权属的确认、土地用途的管制等。

2. 农业农村部门
   农业农村部门在农村土地管理中也扮演着重要角色，特别是涉及农村集体经济组织、农民集体所有的土地时。农业农村部门可能负责指导农村集体土地的承包经营、流转以及农村集体经济组织的财务管理等工作。在农村变社区后，如果土地仍属于集体所有，农业农村部门可能继续参与相关管理。

3. 地方政府或社区管理机构
   在农村变社区的过程中，地方政府或新成立的社区管理机构可能根据实际情况，对原农村集体土地进行统一规划和管理。这可能包括土地的开发利用、基础设施建设、公共服务配套等方面的规划和管理。具体的管理职责可能因地区而异，需根据当地的相关政策和规定来确定。

4. 特殊情况下的其他部门
   如果原农村集体土地在农村变社区的过程中被征收为国有土地，或者用于特定的公共项目（如道路、公园等），则可能涉及其他相关部门的管理，如住房和城乡建设部门、交通运输部门等。

建议：

• 如果您对原农村集体土地的具体管理情况有疑问，建议首先咨询当地的自然资源部门或农业农村部门，了解土地的性质和当前的管理安排。
  
• 如果涉及土地征收、流转等具体法律问题，可以进一步向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。