关于土地承包合同变更的办理部门，这确实是一个涉及多个步骤和部门的过程。下面我将为您详细阐述整个流程，以便您能够清晰了解并顺利办理。

首先，申请主体与初步受理： 农户（即土地承包方）需要向发包方提出变更申请。发包方通常是村民委员会或村集体经济组织。在申请时，农户需要填写农村土地承包经营权变更申请书，并提交一系列相关证明材料，如家庭分户协议、土地流转合同（如果涉及土地流转的话）、家庭成员变化证明等。发包方会对这些申请材料进行初步审核，确保其真实性和完整性。若审核通过，发包方会签署意见并加盖公章，然后将申请材料报送至乡（镇）人民政府农村经营管理部门。

接下来，乡（镇）人民政府农村经营管理部门的审核： 乡（镇）人民政府农村经营管理部门在收到发包方报送的申请材料后，会进行详细的审核。这包括实地核实土地的实际情况，如土地的位置、面积、四至等信息是否与申请内容一致。审核通过后，该部门会将相关材料上报至县级以上地方人民政府农业农村主管部门。

然后，县级以上地方人民政府农业农村主管部门的复审与登记： 县级以上地方人民政府农业农村主管部门会对上报的材料进行最终审核。审核无误后，他们会在农村土地承包经营权证登记簿上进行变更登记，并颁发新的农村土地承包经营权证或在原证书上进行相应变更。这一步骤是确认变更后的土地承包经营权的关键。

特殊情形处理： 需要注意的是，在已经开展农村不动产统一登记的地区，农村土地承包经营权变更登记工作可能由当地的不动产登记机构负责。此时，农户需要按照不动产登记机构的要求提交相关材料，并办理变更登记手续。

注意事项与建议：

1. 由于各地的具体流程和政策可能有所不同，建议您在办理前先咨询当地村委会或农业行政主管部门，了解具体的办理要求和程序。
2. 确保所有提交的材料真实、完整，以避免因材料问题导致的审核延误或失败。
3. 密切关注政府部门的相关通知和公告，以及时了解政策变化和办理进度。

综上所述，土地承包合同变更的办理涉及多个部门和步骤，但只要您按照上述流程逐步进行，并注意相关事项和建议，就能够顺利完成变更手续。希望这些信息能够对您有所帮助。