农村农田土地承包确权工作是一个涉及多个部门且流程相对复杂的过程，具体负责部门会根据土地类型有所不同。以下是对这一问题的详细解答：

一、主要责任部门及职责

1. 农业农村部门：

   • 职责：在多数地区，农业农村部门是承担农村土地承包经营确权登记颁证工作的核心部门。它负责组织和实施土地承包关系、承包面积等的调查核实，建立相关档案资料，并最终核发农村土地承包经营权证。
   • 适用范围：主要针对农村承包地，即农民集体所有和国家所有依法由农民集体使用的耕地、林地、草地，以及其他依法用于农业的土地。

2. 自然资源部门（及其下属的土地行政主管部门）：

   • 职责：自然资源部门在土地确权工作中也扮演着重要角色，特别是提供基础的土地测绘数据、土地利用现状等资料，为准确确定土地的位置、界限等提供技术支持和参考依据。同时，它也参与协调和处理涉及土地权属争议的问题。
   • 适用范围：虽然自然资源部门不直接负责承包地的确权，但在宅基地和集体建设用地的确权登记中，它是主管部门。不过，在承包地确权过程中，其下属的土地行政主管部门可能会协助进行实地勘察等工作。

3. 乡镇人民政府（街道办事处）：

   • 职责：乡镇人民政府在农村土地确权工作中起到承上启下的关键作用。它负责组织开展本行政区域内的土地确权具体工作，包括宣传动员、组织村集体开展土地情况摸底、协助开展实地测量等，并对土地纠纷进行初步调解。

4. 村集体经济组织或村民委员会：

   • 职责：虽然不属于政府部门，但村集体经济组织或村民委员会在土地确权工作中发挥着重要的基础作用。它们负责收集、整理本集体成员的土地承包相关信息，协助测绘单位进行实地指界，并组织召开村民会议或村民代表会议，对土地确权方案、结果等进行讨论和公示。

二、办理流程

1. 提出申请：向当地农业农村部门（或自然资源部门，具体取决于土地类型）提出申请，并提交相关材料，如土地权属来源证明、土地承包合同等。

2. 审核材料：相关部门工作人员会对申请材料进行严格审核，核实土地的相关信息和权属情况。

3. 实地勘察：如果申请材料齐全且符合规定，将进入实地勘察阶段。这一阶段可能由农业农村部门、自然资源部门或其下属的土地行政主管部门，以及乡镇人民政府等共同参与，对土地的实际情况进行勘查和测量。

4. 颁发证书：经过审核、勘察等环节后，对于符合条件的土地，将依法颁发土地确权证。对于承包地，将颁发农村土地承包经营权证；对于宅基地和集体建设用地，将颁发不动产权证书。

三、注意事项

• 土地类型差异：不同类型的土地（如承包地、宅基地、林地、草地等）可能由不同的部门负责确权。因此，在办理前应先明确土地类型，并咨询相应的主管部门。

• 地区政策差异：确权的具体流程可能会因地区政策的不同而有所差异。因此，在进行土地确权前，建议先咨询当地的土地管理部门（如县农业农村局、市自然资源局等），以了解详细的确权流程和所需材料。

• 材料准备：在办理过程中，应确保提交的材料齐全、真实、有效。如果遇到材料缺失或权属争议等问题，应及时与相关部门沟通并按照要求补充材料或解决争议。

• 村民自治原则：在土地确权过程中，应充分发挥村集体经济组织或村民委员会的作用，让村民参与到土地确权的过程中来，确保确权结果的公正性和合法性。

综上所述，农村农田土地承包确权工作是一个涉及多个部门和复杂流程的过程。为确保确权的准确性和合法性，建议农民和相关主体在确权前充分了解相关政策法规和流程要求，并积极与当地土地管理部门沟通协作。