农民如果发现田亩数量不对，应当向当地的农业农村部门或自然资源部门申请确权。以下是详细的分析和建议：
一、确权部门的选择
农业农村部门：
- 农业农村部门是负责农村土地承包管理的主要部门，包括土地承包合同的签订、履行、变更和解除等。
- 如果田亩数量不对是由于土地承包合同中的面积与实际不符，或者存在土地承包纠纷，农民可以向农业农村部门申请确权，要求重新测量土地面积并调整合同。
自然资源部门：
- 自然资源部门（原国土资源部门）负责土地资源的调查、规划、管理和监督，包括土地权属的确认和登记。
- 如果田亩数量不对是由于土地权属不清，或者存在土地登记错误，农民可以向自然资源部门申请确权，要求核实土地权属并更正登记信息。
二、确权流程
提交申请：
- 农民需要向选定的确权部门（农业农村部门或自然资源部门）提交确权申请，并提供相关证明材料，如土地承包合同、土地权属证书、身份证等。
现场勘查：
- 确权部门会安排工作人员到现场进行勘查，测量土地面积，核实土地权属和边界。
公示公告：
- 确权部门会将勘查结果进行公示公告，接受农民的监督和异议。
确权登记：
- 如果公示公告期间没有异议或异议已解决，确权部门会办理确权登记手续，颁发新的土地权属证书或调整土地承包合同。
三、注意事项
保留证据：
- 农民在申请确权前，应尽可能保留与土地相关的证据材料，如土地承包合同、土地权属证书、缴费凭证等，以便在确权过程中提供证明。
及时申请：
- 如果发现田亩数量不对，农民应及时向相关部门申请确权，避免因时间拖延而导致证据丢失或确权难度增加。
配合工作：
- 在确权过程中，农民应积极配合确权部门的工作，提供必要的协助和信息，确保确权工作的顺利进行。
四、法律后果
- 如果农民未及时申请确权，或者确权过程中存在隐瞒、谎报等行为，可能会导致确权结果不准确或无效，进而影响农民的土地权益。
- 因此，农民应认真对待确权工作，确保自己的土地权益得到合法保护。
建议：农民在发现田亩数量不对时，应首先了解当地的确权政策和流程，然后选择合适的部门进行申请。在申请过程中，要保留好相关证据材料，积极配合确权部门的工作，确保自己的土地权益得到合法保护。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。