土地确权工作主要由自然资源部门负责。该部门承担着土地资源的管理与规划等重要任务，在土地确权的整个过程中，其主要职责是对土地的权属进行精准的认定以及进行相关的登记等事宜。具体来说：

1. 农村土地承包经营权确权：通常由农业农村部门负责。这涉及到农村土地的承包、使用等权益的确认。
2. 国有土地使用权、集体土地所有权确权：这些类型的土地确权工作大多由自然资源部门（即原来的国土资源部门）来主管，负责土地的调查、统计、登记和发证工作。

由于土地确权是一个复杂且严谨的过程，需要依据相关的法律法规以及政策规定来进行，因此，在申请确权时，建议按照相关部门的要求，仔细填写申请表，提交相关的权属证明材料，如土地承包合同、土地使用证等，并积极配合相关部门的调查核实工作，以确保土地确权的顺利进行。

如果在土地确权过程中遇到任何问题或纠纷，可以先尝试通过协商的方式解决；协商不成的，可以申请人民政府处理；对政府处理决定不服的，还可以向人民法院提起行政诉讼，通过司法途径进一步解决争议。