关于承包经营权确权由哪个部门负责的问题，我可以给出以下详细解答：

一、总体负责部门

土地承包经营权的确权工作主要由县级以上地方人民政府的农业农村、林业和草原等主管部门负责。这些部门负责指导和组织本行政区域内的土地承包经营权确权登记颁证工作，确保土地权属的清晰和合法。

二、具体确权流程与负责部门

1. 农村集体土地（一般耕地等农用地）

   • 前期调查与基础工作：由县级以上地方人民政府农业农村、林业和草原等主管部门负责指导，乡（镇）人民政府农村经营管理部门具体承担组织和实施工作，对农村土地的权属、面积、四至等情况进行调查核实。
   • 登记与证书发放：县级以上地方人民政府负责土地承包经营权证的登记、发放工作，确认承包方的土地承包经营权。

2. 草原承包经营权

   • 由县级以上地方人民政府草原行政主管部门负责组织实施草原承包经营权的确权登记颁证工作，对草原的权属、面积、等级等进行调查核实，并最终核发草原承包经营权证。

3. 其他类型土地

   • 对于其他类型的土地，如海域养殖用海等，其承包经营权的确权工作则由相应的主管部门，如海洋行政主管部门等负责。

三、权属争议处理

在土地承包经营权确权过程中，如果发生权属争议，如“一地二包”或“权属纠纷”等问题，当事人可以通过以下途径解决：

1. 向发包方（村集体经济组织）请求协调解决。
2. 向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。
3. 直接向人民法院提起民事诉讼，通过法律途径确定合同的效力，以合同的效力确定权属的归属。

综上所述，承包经营权确权工作涉及多个部门和环节，主要由县级以上地方人民政府的农业农村、林业和草原等主管部门负责。在确权过程中，如遇到权属争议，当事人可以通过协调、仲裁或诉讼等途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。