在一般耕地上种树，主要由农业农村部门进行管理。以下从不同角度为你详细分析：

管理部门职责角度

农业农村部门负责耕地保护、农业资源利用等相关工作。一般耕地属于农业用地范畴，在耕地上进行种植活动，包括种植树木等，农业农村部门会依据相关法律法规和政策，对这种行为是否符合耕地利用要求进行监管。比如，会关注是否改变了耕地的农业用途，是否对耕地质量造成损害等。如果发现违规在耕地上种树，影响耕地正常农业生产功能，农业农村部门有权进行制止和处理。

土地规划与用途管制角度

虽然一般耕地不是基本农田，但同样受到土地用途管制。自然资源部门负责土地利用总体规划的制定和实施监督等工作。如果在一般耕地上种树的行为涉及到土地用途的改变，比如将原本用于种植农作物的耕地转变为林业用地，这需要符合土地利用总体规划，并经过自然资源部门的审批。若未经审批擅自改变土地用途种树，自然资源部门会依据土地管理相关法律法规进行查处。

实际案例参考角度

在实际生活中，曾有某村村民未经批准在自家承包的一般耕地上大面积种植树木。农业农村部门在巡查中发现后，首先对该村民进行了宣传教育，告知其在耕地上种树可能带来的不良影响，如影响耕地地力、破坏农业生产结构等，并要求其停止种树行为，恢复耕地原状。同时，自然资源部门也介入调查，查看该行为是否涉及土地用途变更审批等问题。最终，在两个部门的共同督促下，该村民将种植的树木进行了清理，恢复了耕地的农业生产功能。

法律后果角度

如果违规在一般耕地上种树，可能会面临一系列法律后果。农业农村部门可以责令限期改正或者治理，恢复原种植条件；逾期不改正的，可以指定有关单位代为履行，所需费用由违法行为人承担，还可以并处罚款。自然资源部门若认定该行为涉及非法改变土地用途，会依据《土地管理法》等相关规定，责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。

如果你在农村土地或宅基地方面还有其他疑问，比如涉及土地流转、宅基地确权等问题，都可以直接向我咨询。