在基本农田上种果树，若该行为违反了相关法律法规，通常应由负责土地管理和农业监管的部门来担责，具体来说，主要是自然资源部门和农业农村部门，但具体担责情况需根据实际违法情形和相关部门职责划分来确定。以下从几个角度详细分析：

一、法律法规依据

1. 《中华人民共和国土地管理法》：该法明确规定了基本农田的保护制度，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内挖塘养鱼、建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动。虽然直接未提及种果树，但种果树若导致基本农田被破坏或改变用途，则可能违反该法规定。

2. 《基本农田保护条例》：该条例进一步细化了基本农田的保护措施，明确禁止在基本农田内建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动，以及占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼等行为。这直接关联到在基本农田上种果树的问题。

二、部门职责划分

1. 自然资源部门：负责土地资源的规划、管理、保护和合理利用。在基本农田保护方面，自然资源部门有权对违法占用或破坏基本农田的行为进行查处。

2. 农业农村部门：负责农业生产的指导、管理和服务。在基本农田上种果树若涉及农业生产经营活动，农业农村部门也有权进行监管，特别是当该行为违反农业相关法律法规或政策时。

三、担责情况分析

1. 若种果树行为导致基本农田被破坏或改变用途：

   • 自然资源部门应依据《土地管理法》和《基本农田保护条例》的相关规定，对违法行为进行查处，包括责令限期改正、恢复原状、罚款等措施。
   • 若该行为同时违反了农业农村部门的相关规定，农业农村部门也可依据其职责进行查处。

2. 若种果树行为未直接破坏基本农田但违反了相关政策或规划：

   • 这种情况下，可能主要由农业农村部门进行监管和查处，特别是当该行为违反了农业产业结构调整政策或基本农田保护规划时。

四、实际案例与操作建议

• 在实际操作中，若发现有人在基本农田上种果树，首先应向当地自然资源部门或农业农村部门举报。
• 相关部门在接到举报后，会进行调查核实，并根据实际情况依法进行处理。
• 若对处理结果有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

总结来说，在基本农田上种果树若违反了相关法律法规或政策，通常应由自然资源部门和农业农村部门来担责，具体担责情况需根据实际违法情形和相关部门职责划分来确定。若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。