您好，关于农民在基本农田上种树的问题，这是一个涉及耕地保护的重要事项。根据相关法律法规和政策，我来为您详细解答。

首先，需要明确的是，在基本农田上种树是违法的。基本农田是保障国家粮食安全的重要基础，其用途受到严格限制，主要用于种植粮食、棉、油、糖、蔬菜等农作物。根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五十一条的规定，非法占用永久基本农田发展林果业或者挖塘养鱼的，将由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正；逾期不改正的，将按占用面积处耕地开垦费2倍以上5倍以下的罚款。

接下来，关于您询问的由哪个部门牵头处理的问题，这主要涉及到两个部门：自然资源部门和农业农村部门。

1. 自然资源部门：

   • 负责组织实施最严格的耕地保护制度，包括牵头拟定并实施耕地保护政策。
   • 组织实施耕地保护责任制考核和永久基本农田特殊保护。
   • 监督占用耕地补偿制度执行情况，对非法占用基本农田种树等行为进行查处和处罚。

2. 农业农村部门：

   • 牵头组织开展高标准农田建设、耕地质量提升等工作。
   • 负责耕地种植用途管控，确保耕地用于符合规定的农作物种植。
   • 在发现违反耕地种植用途管控要求的行为时，会及时向乡镇人民政府或者县级人民政府农业农村主管部门报告，并配合相关部门进行查处。

在实际操作中，如果发现有农民在基本农田上种树，通常首先会由乡镇人民政府或村民委员会、农村集体经济组织发现并报告。然后，县级自然资源部门会介入调查，确认违法行为后，会责令种树人限期改正，将树木伐移。如果拒不改正，自然资源部门会根据法律程序进行罚款等措施，以恢复耕地属性。同时，农业农村部门也会在耕地种植用途管控方面发挥重要作用，确保耕地得到合理利用。

因此，农民在基本农田上种树的问题主要由县级自然资源部门牵头处理，但农业农村部门也会在耕地种植用途管控方面提供支持和配合。希望这个解答能够帮助您更好地理解相关政策和处理流程。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。