针对您提出的“对已经在基本农田上种树的怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，在基本农田上种树是违法的。根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五十一条以及《基本农田保护条例》的相关规定，禁止占用永久基本农田发展林果业和挖塘养鱼。这一规定旨在保护耕地资源，确保粮食安全，因为耕地是粮食生产的命根子，对于我们这样的人口大国来说，保障耕地数量和质量至关重要。
对于已经在基本农田上种树的情况，相关部门会采取以下措施进行处理：
责令限期改正：
- 县级以上人民政府自然资源主管部门会首先责令种树人限期将树木伐移，恢复耕地属性。这是为了纠正违法行为，保护耕地资源。
逾期不改正的处罚：
- 如果种树人在规定期限内未改正，即未将树木伐移并恢复耕地，那么自然资源部门将根据法律程序进行罚款等措施。具体来说，会按占用面积处耕地开垦费2倍以上5倍以下的罚款。假设当地耕地开垦费为每亩一定金额（如9万元），那么随意占用基本农田种植树木有可能面临高额罚款（如18万-40万）。
破坏种植条件的额外处罚：
- 如果种树行为还破坏了耕地的种植条件，那么依照《土地管理法》第七十五条的规定，还会受到进一步的处罚，包括责令限期改正或者治理，并可能并处罚款；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
政策引导与日常监督：
- 县级以上地方人民政府农业农村主管部门会加强耕地种植用途管控日常监督，确保耕地不被非法占用或改变用途。同时，也会通过政策引导，鼓励农民种植粮食作物，保障粮食安全。
村民委员会与农村集体经济组织的报告义务：
- 村民委员会、农村集体经济组织如果发现违反耕地种植用途管控要求的行为，应当及时向乡镇人民政府或者县级人民政府农业农村主管部门报告，以便及时采取措施进行处理。
建议与提醒：
- 如果您或他人确实需要在土地上种植树木，应首先确认土地性质。如果土地属于林地范围，则可以种树；如果土地属于耕地或基本农田，则不能种树，只能种植粮食作物或符合规定的农产品。
- 如果确需占用耕地种植果树等，应向乡镇政府提出申请，并经过批准后落实耕地“进出平衡”报自然资源和规划局备案后，才可以实施。但这一做法并不适用于基本农田。
- 请务必遵守国家法律法规和政策规定，不要贸然改变耕地用途或进行非法种植活动，以免造成不必要的损失和法律后果。
综上所述，对于已经在基本农田上种树的情况，相关部门会依法进行处理并采取措施恢复耕地属性。同时，也提醒广大农民朋友要遵守国家法律法规和政策规定，共同保护好我们的耕地资源。