针对您提出的“农村耕地已经种树怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律法规和政策规定的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、合规种树的情况与处理
符合规划与政策种树：
- 在某些特定区域，如生态脆弱地区，根据土地利用总体规划和林业发展规划，经相关部门批准后，是可以在耕地上种植防护林等特定树种的。这种情况下，种树行为是合法合规的，您不仅可以继续种植，还可能享受到政策或资金上的支持。
农业生产结构调整：
- 如果您是在不破坏耕地耕作层、不造成永久性损害的前提下，根据市场需求调整种植结构，种植了果树等经济林木，这通常也是被允许的。虽然一般无需特殊审批，但为了保护耕地质量，部分地方可能要求您向农业部门备案。
处理建议：
- 如果您属于上述合规种树的情况，建议继续按照规划或政策要求进行种植管理，并妥善保管相关审批或备案文件，以备不时之需。
二、违规种树的情况与处理
基本农田上种树：
- 根据《基本农田保护条例》和《土地管理法》的规定，基本农田是严格禁止植树造林、发展林果业的。如果您在基本农田上种了树，相关部门将要求您立即停止并纠正行为，限期恢复耕种。如果逾期不改正，您可能会面临罚款，甚至刑事责任。
一般耕地上未经批准种树：
- 虽然《土地管理法》没有直接禁止在一般耕地上种树，但《土地管理法实施条例》等法规强调了对耕地的特殊保护，严格控制其转为其他农用地。如果您未经批准在一般耕地上种树，并导致了土地性质的变更，您也将面临法律责任。通常，相关部门会要求您限期改正、恢复耕地功能，并根据实际情况决定是否处以罚款。
造成耕地永久性损害：
- 如果您在种树过程中破坏了耕地耕作层，导致土地无法再进行农作物种植，这就构成了永久性损害。除了行政处罚外，您还需要承担耕地修复的责任。如果无法恢复，您可能需要缴纳耕地开垦费等相关费用。
处理建议：
- 如果您属于违规种树的情况，建议尽快与相关部门沟通，了解具体的整改要求和期限，并积极配合整改工作。如果无法自行整改，可以考虑寻求专业机构的帮助。
三、处理补偿问题的建议步骤
了解法律法规：
- 首先，您需要熟悉国家和地方关于土地征收、征用及其补偿的相关法律条文，以便更好地维护自己的权益。
确定补偿对象与权益：
- 明确自己作为土地使用者或附着物所有者的身份，以及应得的补偿权益。
评估树木价值：
- 如果您的树木因征地等原因需要被移除或补偿，建议请专业机构或人员对树木进行价值评估，以确保补偿金额的合理性。
参与协商谈判：
- 与政府或相关部门积极沟通，提出自己的诉求和期望的补偿方案，争取达成满意的协议。
寻求法律援助：
- 如果在处理过程中遇到争议或困难，建议及时咨询律师以获取专业法律支持。
保留证据文件：
- 妥善保管土地使用权证、树木种植证明、评估报告等相关证据文件，以备不时之需。
综上所述，农村耕地已经种树的处理方式取决于您的种树行为是否合规以及土地的性质。建议您在处理此类问题时务必谨慎行事，确保自己的行为合法合规，并积极与相关部门沟通协商以维护自己的权益。