针对您提出的“协议书上如有特殊情况在商量可超过三年法院已诉讼时效判决咋办”的问题，首先我们要明确的是，一旦法院的判决已经做出，并且已经超过了法定的诉讼时效期间，那么通常情况下，这个判决是有法律效力的，必须履行。不过，根据您提到的情况，我们可以从以下几个方面来分析和探讨：

1. 特殊情况下的诉讼时效延长或中止：

   • 在某些特殊情况下，诉讼时效可能会因为特定的法律事由而被延长或中止。例如，如果当事人在诉讼时效期间内因为不可抗力、无民事行为能力或者限制民事行为能力等原因无法行使诉讼权利，那么诉讼时效可能会相应地被延长或中止。
   • 如果您认为存在这样的特殊情况，建议尽快收集相关证据，并咨询专业律师（也就是我）以评估是否有可能通过法律途径来挑战诉讼时效的有效性。

2. 协议书的约定与诉讼时效的关系：

   • 协议书本身并不直接决定诉讼时效的长短，而是双方当事人对某一事项达成的共识。如果协议书中明确规定了某种特殊情况下可以延长诉讼时效，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定可能是有效的。
   • 然而，需要注意的是，即使协议书中有这样的约定，也需要在法律允许的范围内进行，并且需要确保该约定不会损害国家、集体或者第三人的合法权益。

3. 法院已判决后的救济途径：

   • 如果法院已经做出了判决，并且您认为该判决存在错误或者不公，那么您可以通过上诉、申请再审等法律途径来寻求救济。不过，这些途径通常都有严格的法律程序和条件限制，需要您仔细研究并咨询专业律师以获取更具体的建议。

综上所述，针对您提出的问题，我建议首先仔细审查协议书的内容以及相关的法律法规和司法解释，以确定是否存在可以挑战诉讼时效有效性的法律事由或者约定。如果存在这样的事由或者约定，并且您认为有必要通过法律途径来维护自己的合法权益，那么请尽快咨询专业律师（也就是我）以获取更具体的法律建议和帮助。