甲乙双方约定的协议时效超过法律时效三年，该约定无效。根据我国相关法律规定，当事人约定的时效期间不能超过法律规定的时效期间，否则该约定将被视为无效。针对这一情况，以下是我的详细分析：

1. 法律时效的规定：

   • 在我国，《民法典》对诉讼时效进行了明确规定，一般的诉讼时效期间为三年。这意味着，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算，三年内权利人必须行使权利，否则将丧失请求人民法院依法保护其民事权利的法律制度。

2. 约定时效与法定时效的关系：

   • 当事人可以在合同中约定时效期间，但该时效期间不能违反法律规定的时效期间。如果约定的时效期间短于法定时效期间，那么按照约定的时效期间执行；但如果约定的时效期间长于法定时效期间，那么该约定将被视为无效，仍应按照法定时效期间执行。

3. 超过法律时效的后果：

   • 如果甲乙双方约定的协议时效超过了法律时效三年，那么该约定无效。在这种情况下，如果权利人超过了法定的三年诉讼时效期间仍未行使权利，那么义务人将有权拒绝履行义务，并且权利人将丧失通过诉讼程序强制义务人履行义务的权利。

4. 建议与措施：

   • 对于已经超过法律时效的债权，权利人可以尝试通过其他方式（如协商、调解等）来促使义务人履行义务。
   • 在签订合同时，双方应明确约定时效期间，并确保该时效期间不违反法律规定的时效期间。
   • 如果权利人希望延长诉讼时效期间，可以考虑通过法律程序（如提起诉讼、申请仲裁等）来实现。

综上所述，甲乙双方约定的协议时效超过法律时效三年是无效的。在实际操作中，应严格遵守法律规定的时效期间，以确保自身权益得到有效保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。