工资扣税是按照应发工资进行计算的。这一规定既保障了国家的税收利益，也促进了企业的规范管理。

详细解释：

在我国，个人所得税的征收是以实际发放的工资（即应发工资）作为征税对象。应发工资是员工在提供劳动后，根据合同约定及考勤、绩效等因素，企业应当支付给员工的全部报酬，它包含了各种津贴、补贴、奖金等。而实发工资则是在应发工资的基础上，扣除了个人所得税、社保费用等之后的实际到手工资。

根据《个人所得税法》第六条的规定，应纳税所得额的计算方法如下：

• 对于居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
• 对于非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额。

从这些规定可以看出，个人所得税的计算是基于应发工资的，而不是实发工资。因为应发工资更能全面反映员工的实际收入情况，而实发工资则已经扣除了部分费用，不能准确反映员工的真实收入。

因此，在工资扣税时，企业应按照应发工资来计算个人所得税，并依法进行申报和缴纳。这样既能保障国家的税收利益，也能确保员工的合法权益得到保护。