针对“员工医疗期满后仍不能工作的处理方式”这一问题，以下是我给出的详细解答：

首先，当员工因患病或非因工负伤，医疗期满后不能从事原工作时，用人单位有责任根据员工的身体状况为其另行安排工作岗位。这是基于《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，旨在保护员工的合法权益，确保其在身体条件受限时仍能获得适当的工作机会。

如果用人单位未另行安排工作岗位，而直接以员工医疗期满后继续提交假条为由辞退员工，这将被视为违法解除劳动关系。因为仅凭员工提交病假申请，并不能直接推定员工必然不能从事用人单位另行安排的工作。

接下来，如果员工在医疗期满后仍不能从事原工作，也不能从事用人单位另行安排的工作，用人单位应如何处理呢？

1. 劳动能力鉴定：用人单位可以联系劳动鉴定委员会，对员工进行劳动能力鉴定。这是为了确定员工是否具备从事其他工作的能力，以及是否需要享受相应的退休退职待遇。

2. 根据鉴定结果处理：

   • 如果员工被鉴定为一至四级伤残，应退出劳动岗位，解除劳动关系，并办理因病或非因工负伤退休退职手续，享受相应的退休退职待遇。
   • 如果员工被鉴定为五至十级伤残，用人单位可以解除劳动合同，但应按规定支付经济补偿金和医疗补助费。

此外，关于解除劳动合同的通知问题，根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条的规定，用人单位如需解除劳动合同，应提前三十日以书面形式通知劳动者本人。如果未提前三十天书面通知，则需要额外支付一个月工资作为代通知金。

综上所述，员工医疗期满后仍不能工作的处理方式应遵循以下步骤：先根据员工身体状况另行安排工作岗位；如不能从事另行安排的工作，则进行劳动能力鉴定；最后根据鉴定结果采取相应的处理措施，并确保在解除劳动合同时遵守相关法律规定。