对于楼顶种菜这一行为的投诉，通常可以由以下几个部门来处理：

1. 居民委员会（居委会）： 居委会作为社区居民的自治组织，有责任和义务处理社区内的公共事务，包括维护社区环境、调解居民纠纷等。因此，如果楼顶种菜行为影响到了社区环境或其他居民的正常生活，可以向居委会反映情况，请求他们进行协调和处理。

2. 物业管理公司： 在大多数小区中，物业管理公司负责小区的日常管理和维护。楼顶作为小区的一部分，其使用和管理也归物业管理公司负责。因此，如果楼顶种菜行为违反了小区的管理规定或物业合同，可以向物业管理公司进行投诉，要求他们进行干预和处理。

3. 城市管理部门（如城管）： 如果楼顶种菜行为违反了城市管理的相关法律法规，如擅自改建、占用物业共用部分等，那么可以向城市管理部门进行投诉。他们会根据相关法律法规进行调查和处理，包括要求违规者停止种菜、恢复原状，甚至可能进行罚款等行政处罚。

在投诉时，建议提供详细的证据和情况说明，如拍照、录像等，以便相关部门能够更好地了解问题和进行处理。同时，也可以先与违规者进行沟通，尝试通过协商解决问题；如果协商无果，再向相关部门进行投诉。

综上所述，对于楼顶种菜行为的投诉，可以根据具体情况向居委会、物业管理公司或城市管理部门进行反映和处理。