结论前置：犯罪嫌疑人在检察院阶段不认罪，并不会影响检察院和法院依法处理案件。检察院会全面审查证据，若证据确实、充分，即使犯罪嫌疑人不认罪，也可能提起公诉；法院则会依据证据和法律规定，作出公正判决。

详细分析：

1. 证据审查阶段：

   • 检察院在收到侦查机关移送的案件后，会对全部证据材料进行细致审查和核实，包括证明犯罪嫌疑人有罪的证据以及可能证明其无罪或罪轻的证据。这一阶段的审查是全面而细致的，旨在确保证据的合法性、真实性和充分性。
   • 如果证据存在瑕疵或不足，检察院可以退回公安机关进行补充侦查，要求进一步收集、调取证据。补充侦查以两次为限，若仍证据不足，则不符合起诉条件，检察院将作出不起诉决定。

2. 决定起诉阶段：

   • 若经审查，证据确实、充分，能够排除合理怀疑地证明犯罪嫌疑人实施了犯罪行为，即使犯罪嫌疑人不认罪，检察院也会依法向人民法院提起公诉。这是基于“以事实为依据，以法律为准绳”的原则，确保案件的公正处理。
   • 若证据不足，无法达到认定犯罪嫌疑人有罪的证明标准，检察院将遵循疑罪从无的原则，作出不起诉决定。

3. 庭审支持公诉阶段：

   • 在法庭上，检察官会出示各类证据来证明犯罪嫌疑人的犯罪行为，并针对犯罪嫌疑人不认罪的情况，对证据进行详细说明和解读，强调证据之间的关联性和证明力。
   • 对于犯罪嫌疑人的不认罪辩解和理由，检察官会依据事实和法律进行有力反驳，确保案件的公正审理。同时，法院也会重视证据链的完整性与合法性，不轻信口供。

4. 法律后果与法院判决：

   • 犯罪嫌疑人不认罪认罚，将丧失获得从宽处理的机会。这可能对最终的量刑产生影响，但不会影响案件的定性。
   • 法院在审理案件时，会遵循法律法规，根据庭审情况和现有证据作出公正、公平的判决。若证据不足，法院会作出无罪判决；若证据确实、充分，即使被告人不认罪，法院也可以认定其有罪并作出有罪判决。

综上所述，犯罪嫌疑人在检察院阶段不认罪，并不会改变司法程序的正常进行。检察院和法院会依据证据和法律规定，独立、公正地处理案件，确保法律的正确实施和司法的公信力。因此，建议犯罪嫌疑人如实向司法机关陈述情况，如果有合理的辩解，应通过合法途径表达，以维护自身的合法权益。