在刑事案件中，若案件已移交检察院但当事人拒不认罪，检察院会按照法定程序进行办理，具体处理方式如下：
一、审查起诉阶段
全面审查案件：
- 检察院会对公安机关移送的案卷材料进行全面审查，这包括证据的真实性、合法性和关联性。若检察院认为证据不足或存在疑问，可能会要求公安机关补充侦查，或者检察院自行进行侦查，以确保案件事实清楚，证据确实充分。
讯问犯罪嫌疑人：
- 检察院必须讯问犯罪嫌疑人，这是法定程序的一部分。在讯问过程中，检察院会听取犯罪嫌疑人的辩解和意见，进一步核实案件事实和证据。
听取辩护人意见：
- 如果辩护律师提出要求，检察院应当听取其意见，并将意见记录在案。如果辩护律师提出书面意见，检察院也应当将其附卷，作为审查案件的参考。
作出决定：
- 根据审查结果，检察院可能作出起诉或不起诉的决定。如果决定不起诉，检察院需公开宣布并说明理由，同时解除对犯罪嫌疑人的强制措施（如查封、扣押、冻结的财物需返还）。
二、提起公诉后
出庭支持公诉：
- 如果检察院决定提起公诉，会指派检察官出庭支持公诉。在庭审过程中，检察官会通过举证、质证和辩论等方式，证明被告人的犯罪事实。
应对被告人不认罪情况：
- 如果被告人当庭不认罪，公诉人需要根据庭审情况调整策略。这通常包括重点围绕证据链的完整性、法律适用的准确性进行陈述，并通过交叉询问证人、出示关键物证等方式，强化指控逻辑，确保案件得到公正审理。
三、特殊情形处理
认罪认罚从宽制度不适用：
- 当事人拒不认罪，意味着其不适用认罪认罚从宽制度。这通常不会影响案件的正常审理，但可能导致在量刑时无法享受从宽优惠。
证据存疑时的处理：
- 如果检察院认为证据不足以定罪，可以依法撤回起诉或建议法院宣告无罪。这是检察院对案件质量负责的表现，也是保障被告人合法权益的重要措施。
四、后续程序保障
上诉权保障：
- 无论判决结果如何，被告人均可在规定期限内提出上诉。这是被告人的一项基本权利，也是确保案件得到公正审理的重要保障。
审判监督程序：
- 如果发现新证据或原判决确有错误，可以通过再审程序进行纠正。这是司法制度中的一项重要救济措施，旨在确保案件的公正性和准确性。
总结与建议：
在刑事案件中，当事人拒不认罪并不会影响检察院按照法定程序进行办理。检察院会全面审查案件，讯问犯罪嫌疑人，听取辩护人意见，并根据审查结果作出起诉或不起诉的决定。如果案件提起公诉，检察院会指派检察官出庭支持公诉，并应对被告人不认罪的情况。同时，司法制度也提供了上诉权和审判监督程序等救济措施，以保障被告人的合法权益。
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