要证明母子关系但双方户口不在同一户口本上，您可以根据具体情况选择以下几种方法来证明：
一、官方证明材料
出生医学证明：
- 如果您有出生医学证明，这是最直接且有力的证据，因为它记录了您的出生信息以及父母的身份信息。
户口簿中的亲子关系记录：
- 虽然双方户口不在同一户口本上，但如果您的户口簿或您母亲的户口簿中有记录亲子关系（如您的出生申报信息），这也可以作为证明。
派出所出具的亲子关系证明：
- 根据公安部等部门的相关规定，对于无法凭户口簿、身份证等法定身份证件直接证明的事项，派出所可以根据具体情况出具证明。您可以前往您或您母亲户籍所在地的派出所咨询并申请开具亲子关系证明。
公证机关出具的亲子关系公证书：
- 通过公证机关进行亲子关系公证，也是一种具有法律效力的证明方式。
二、其他辅助材料
街道办或乡（镇）政府出具的证明：
- 您还可以尝试联系户籍所在地的街道办或乡（镇）政府，看他们是否能出具父母子女关系证明。这种证明通常需要列明所有关系人员的姓名和身份证号码。
反映亲子关系的人事档案履历表：
- 如果您或您母亲的人事档案中有记录亲子关系的履历表，这也可以作为辅助证明。
亲子关系司法鉴定意见书：
- 如果其他方式都无法证明，您还可以考虑进行亲子关系司法鉴定。这种鉴定通过科学的方法来确定亲子关系，具有高度的准确性和法律效力。
三、注意事项
- 在选择证明方式时，请优先考虑官方出具的证明材料，因为它们通常具有更高的法律效力。
- 如果您选择使用非官方证明材料（如人事档案履历表等），可能需要结合其他证据一起使用，以增加证明的可信度。
- 在办理过程中，请务必遵守相关法律法规和程序要求，确保证明的合法性和有效性。
综上所述，虽然母子双方户口不在同一户口本上可能会给证明亲子关系带来一些困难，但通过选择适当的证明方式和提供充分的证据材料，您仍然可以有效地证明母子关系。