如果您和母亲的户口不在一起，需要开具母子证明，您可以参考以下几种方法来办理：

首先，您可以尝试查找并提供以下父母子女关系认定材料之一：

1. 被投靠人的《出生医学证明》；
2. 体现亲子关系的户口簿（尽管您和您母亲的户口不在一起，但可能有其他家庭成员的户口簿能体现这种关系）；
3. 公证机关出具的亲子关系公证书；
4. 申请人户籍地派出所出具的亲子关系证明，或者申请查询户口底册并复印相关材料。如果父母双方户口不在同一派出所，应由各自户籍地派出所出具亲子关系证明；若只有一方派出所能够证明，则需要提交《结婚证》作为辅助材料；
5. 申请人户籍所在地街道办或乡（镇）政府出具的父母子女关系证明，该证明需要列明所有关系人员的姓名和身份证号码；
6. 反映亲子关系的人事档案履历表，这通常可以在您或您母亲的人事档案中找到；
7. 亲子关系司法鉴定意见书，这是通过司法程序进行的亲子鉴定，具有法律效力。

另外，根据公安部等12部门联合出台的《关于改进和规范公安派出所出具证明工作的意见》，对于无法凭户口簿、身份证等法定身份证件证明的事项，如亲属关系证明，派出所将根据具体情况予以办理。因此，您也可以直接前往您或您母亲户籍所在地的派出所，咨询并申请开具母子关系证明。

在办理过程中，请务必准备好所有可能需要的材料，并遵循相关部门的要求和程序。如果遇到困难或疑问，可以向当地公安机关或相关部门咨询，他们将会为您提供具体的指导和帮助。