灵活就业医保变为职工医保确实属于跨制度转移。这是根据我国医保制度的相关规定来确定的，具体可以参考人社部出台的《流动就业人员基本医疗保险关系转移接续业务经办规程》以及各地如福建省制定的《基本医疗保险关系转移接续暂行办法》。

跨制度转移接续通常发生在参保人员因就业状态、户籍或常住地变动等原因，需要从一种医保制度转移到另一种医保制度时。在您提到的情境中，灵活就业医保属于居民医保的一种，而职工医保则是另一种医保制度。因此，当参保人员从灵活就业状态转变为职工状态时，其医保关系也需要从居民医保转移为职工医保，这就涉及到了跨制度的转移接续。

办理这种跨制度转移接续时，参保人员需要按照一定流程进行操作。首先，在转出地（即原医保关系所在地）办理中止参保手续，并获取参保凭证。然后，在转入地（即新医保关系所在地）按规定参加基本医疗保险，并提出转移申请，提供参保凭证等相关材料。最后，转入地经办机构会与转出地经办机构联系，完成相关转移手续，并办结接续手续。

需要注意的是，不同地区的医保政策可能有所不同，具体的转移接续流程和要求也可能存在差异。因此，在办理跨制度转移接续时，建议参保人员先咨询当地医保经办机构或相关部门，了解具体的政策和流程要求。