农民工工资超过5000元时，其个人所得税的扣除方式遵循个人所得税法的规定，与其他劳动者相同。以下是详细的扣除方式和步骤：

一、应纳税所得额的计算

首先，需要确定应纳税所得额。这是通过从年度收入总额中减去一系列扣除项目来得到的，具体公式为：

应纳税所得额 = 年度收入总额 - 60000元（起征点） - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除

• 年度收入总额：包括工资、薪金、劳务报酬等全年合计。
• 专项扣除：通常包括个人缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险和住房公积金。
• 专项附加扣除：涵盖子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等多方面的支出。
• 依法确定的其他扣除：可能包括个人缴付的企业年金、职业年金，以及购买商业健康保险、税收递延型商业养老保险的支出等。

二、税率与速算扣除数的应用

根据应纳税所得额，可以对照个人所得税法规定的累进税率表，找到对应的税率和速算扣除数。税率表根据应纳税所得额的不同区间，设定了不同的税率和速算扣除数。

• 税率表（部分）：
  • 不超过36000元，税率为3%，速算扣除数为0。
  • 超过36000元至144000元，税率为10%，速算扣除数为2520元。
  • …（更高区间省略）

使用税率和速算扣除数，可以计算出应纳税额：

应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数

三、个税的扣缴与汇算清缴

• 扣缴：一般情况下，由支付工资的单位或个人作为扣缴义务人，按月预扣预缴税款。
• 汇算清缴：年度终了后，进行汇算清缴，多退少补。这意味着农民工在每月领取工资时，会预先扣除一部分税款，待年底再根据全年收入情况进行最终结算。

四、实例分析

以农民工小李为例，其月工资为8000元，三险一金每月缴纳1000元，且有一个子女正在接受全日制学历教育，每月可享受1000元的专项附加扣除。则小李每月的应纳税所得额和应纳税额计算如下：

• 应纳税所得额 = 8000 - 5000（起征点） - 1000（三险一金） - 1000（专项附加扣除） = 1000元
• 对照税率表，小李的应纳税所得额属于第一级，适用3%的税率，速算扣除数为0。
• 应纳税额 = 1000 × 3% = 30元

因此，小李每月应预扣预缴的税额为30元。

综上所述，农民工工资超过5000元时，其个税扣除方式需综合考虑年度收入总额、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除，并按照累进税率表计算应纳税额。同时，通过月度预扣预缴与年度汇算清缴相结合的方式，确保税款的准确缴纳。