当个人工资超过5000元时，需要按照个人所得税法规定缴纳税款。以下是详细的扣税算法和步骤：

一、确定应纳税所得额

应纳税所得额是计算个人所得税的基础，其计算公式为：

应纳税所得额 = 月度收入 - 5000元（起征点） - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除

其中，

• 月度收入：指个人的月工资收入。
• 5000元（起征点）：为个人所得税的起征点，即月收入超过5000元的部分才需要缴税。
• 专项扣除：包括基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金。
• 专项附加扣除：涵盖子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人、3岁以下婴幼儿照护等七项。
• 依法确定的其他扣除：如企业年金、职业年金、商业健康保险、税收递延型商业养老保险支出等。

二、查找适用税率及速算扣除数

个人所得税采用超额累进税率，税率范围为3%至45%。根据应纳税所得额的不同，适用不同的税率和速算扣除数。具体税率表如下：

三、计算应纳税额

应纳税额的计算公式为：

应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数

四、示例计算

假设小李月工资收入为10000元，三险一金扣除1000元，且有一个子女正在接受全日制学历教育，可享受每月1000元的专项附加扣除。那么，

• 应纳税所得额 = 10000 - 5000 - 1000 - 1000 = 3000元
• 根据税率表，适用税率为10%，速算扣除数为210（但此处因应纳税所得额正好为3000元，所以实际使用3%的税率和0的速算扣除数，或者按照10%税率和210速算扣除数计算后结果相同）。
• 应纳税额 = 3000 × 3% - 0 = 90元（或3000 × 10% - 210 = 90元）

五、注意事项

1. 在实际工资发放中，个人所得税通常按累计预扣法计算预缴，年度终了后进行综合所得年度汇算清缴，多退少补。
2. 税率和速算扣除数可能随法规变化而调整，纳税人应及时关注税法更新，确保计算的准确性。
3. 对于复杂的税务问题或特殊情况，建议咨询专业税务顾问或律师，以获得更具体的帮助和指导。

综上所述，个人所得税超过5000元的扣税算法并不复杂，只需按照上述步骤进行计算即可。同时，也建议纳税人及时了解税法变化，确保自己的税务处理符合法规要求。