教师工资超过5000元时，需要根据个人所得税法进行计算和扣税。以下是对教师工资扣税的详细解答：
一、扣税原则与法律依据
教师的工资收入属于个人所得税的征税范围。根据《中华人民共和国个人所得税法》，在中国境内有住所，或者无住所但一个纳税年度内在中国境内居住累计满一百八十三天的个人，需依法缴纳个人所得税。教师作为国家公职人员，工资收入超过起征点时，也应依法纳税。
二、应纳税所得额的计算
应纳税所得额是教师工资扣税的基础，计算公式为：
应纳税所得额 = 年度收入额 - 60000元（基本扣除费用） - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除
- 年度收入额：包括基本工资、课时费、奖金、津贴等全部应税收入的总和。
- 基本扣除费用：即综合所得的年减除费用标准，为60000元，平均每月5000元。
- 专项扣除：涵盖基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金，这些通常由单位代扣代缴。
- 专项附加扣除：包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人以及3岁以下婴幼儿照护等支出。
- 依法确定的其他扣除：如企业年金、职业年金、商业健康保险等支出。
对于月度工资的计算，也可以将上述公式中的“年度收入额”替换为“月度收入”，并相应调整基本扣除费用为5000元。
三、税率与速算扣除数
个人所得税采用七级超额累进税率，税率从3%至45%不等。应纳税额的计算公式为：
应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数
具体的税率和速算扣除数依据应纳税所得额的范围而定。
四、特殊情况处理
- 多处取得工资薪金所得：若教师在两处或两处以上取得工资薪金所得，需自行申报纳税。
- 境外所得抵免：从中国境外取得的所得，需抵免已在境外缴纳的个人所得税税额，但抵免额不得超过该纳税人境外所得依照我国税法规定计算的应纳税额。
- 免税或减税情况：如政府特殊津贴、院士津贴等特定补贴免征个人所得税；残疾、孤老人员和烈属的所得可以依法减征个人所得税。
五、实际操作建议
- 合理规划财务：教师应了解自己的工资构成和税收政策，以便合理规划财务和税务事务。
- 及时申报纳税：学校或单位作为扣缴义务人，会按照税法规定为教师代扣代缴个人所得税。但教师也应关注自己的纳税情况，确保及时申报和缴纳。
- 咨询专业人士：对于复杂的税务问题，教师可以咨询专业的税务顾问或会计师，以确保自己的税务事务得到妥善处理。
综上所述，教师工资超过5000元时，需要根据个人所得税法进行计算和扣税。教师应了解自己的工资构成、税收政策及免税减税规定，以便合理规划财务和税务事务。