农民工工资个人所得税的计算方式与一般劳动者的工资薪金所得税计算方式是完全一致的，都遵循国家税法的规定。以下是详细的计算步骤及一些关键注意事项：

一、确定应纳税所得额

应纳税所得额是计算个人所得税的出发点，它的计算公式是：

应纳税所得额 = 年度收入额 - 基本减除费用 - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 其他依法确定的扣除

1. 年度收入额：这包括农民工一年内获得的全部工资、薪金，以及各类奖金、津贴等收入。
2. 基本减除费用：这是一个固定的数额，每年为60,000元，也就是每月5,000元。
3. 专项扣除：这包括个人按国家规定缴纳的社会保险费，如基本养老保险、基本医疗保险、失业保险及住房公积金等。
4. 专项附加扣除：这涉及一些特定的生活支出，如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等。例如，如果农民工有子女在接受全日制学历教育，每月可以扣除1,000元；如果有首套住房贷款利息支出，每月也可以扣除1,000元等。
5. 其他依法确定的扣除：这包括一些如企业年金、职业年金、商业健康保险、税收递延型商业养老保险的个人缴付部分等。

二、选择适用税率及速算扣除数

根据个人所得税法，应纳税所得额将按照超额累进税率进行计税。税率从3%至45%不等，共分为7个级别。每个级别对应的应纳税所得额范围、税率和速算扣除数都是固定的。

三、计算应纳税额

应纳税额的计算公式是：

应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数

四、实际操作与汇算清缴

通常情况下，农民工的工资由支付单位在支付时预扣预缴个人所得税。到了年度终了后，纳税人可以根据自己的实际情况进行汇算清缴，多退少补。

为了更具体地说明这个过程，我们来看一个例子：假设一个农民工一年的工资收入为10万元，全年缴纳五险一金1万元，有一个子女正在上小学（全年可扣除1.2万元）。那么他的应纳税所得额就是100,000 - 60,000 - 10,000 - 12,000 = 18,000元。对照税率表，他适用3%的税率，速算扣除数为0。因此，他应缴纳的税额就是18,000 × 3% - 0 = 540元。

对于不熟悉税务计算的农民工来说，建议咨询专业的税务人员或机构，以确保税务处理的准确性和合规性。总的来说，农民工工资个人所得税的计算是一个综合考虑收入、扣除项目和税率表等多个因素的过程，需要仔细计算以确保税务处理的正确性。