农民工工资的个人所得税扣除方式与其他劳动者遵循相同的规定，均按照《中华人民共和国个人所得税法》来执行。以下是关于农民工工资如何扣缴个人所得税的详细解答：

一、应纳税所得额的确定

在计算个人所得税之前，首先需要确定应纳税所得额。这通常是通过以下公式来计算的：

应纳税所得额 = 月度收入 - 基本减除费用 - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除

• 基本减除费用：目前是每月5000元，这是为了保障个人基本生活支出不被征税。
• 专项扣除：包括个人按国家规定缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金。
• 专项附加扣除：涵盖子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金以及赡养老人等多个方面。例如，子女教育每个子女每月可定额扣除1000元，住房贷款利息每月可定额扣除1000元（首套住房且最长240个月）等。
• 依法确定的其他扣除：如企业年金、职业年金、商业健康保险等支出。

二、税率和应纳税额的计算

根据个人所得税税率表（综合所得适用），应纳税所得额会对应不同的税率和速算扣除数。具体如下：

• 不超过36000元：税率3%，速算扣除数0
• 36000元至144000元：税率10%，速算扣除数2520
• 144000元至300000元：税率20%，速算扣除数16920
• 300000元至420000元：税率25%，速算扣除数31920
• 420000元至660000元：税率30%，速算扣除数52920
• 660000元至960000元：税率35%，速算扣除数85920
• 超过960000元：税率45%，速算扣除数181920

应纳税额则通过以下公式计算：

应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数

三、扣除方式与汇算清缴

• 扣除方式：个人所得税通常由支付工资的单位或个人（扣缴义务人）在支付工资时预扣预缴。
• 汇算清缴：纳税年度终了后，次年3月1日至6月30日，纳税人需要办理个人所得税综合所得年度汇算清缴，对全年收入、扣除等进行汇总计算，多退少补。

四、实例分析

假设农民工小李月工资为8000元，三险一金每月缴纳1000元，且有一个子女正在接受全日制学历教育。那么：

• 应纳税所得额 = 8000 - 5000（基本减除费用）- 1000（三险一金）- 1000（子女教育专项附加扣除）= 1000元
• 适用税率为3%，速算扣除数为0
• 应纳税额 = 1000 × 3% - 0 = 30元

五、注意事项

• 年终奖单独计税：农民工如果获得年终奖，可以选择将其单独计税或并入综合所得计税，选择合适的方式可能有助于节税。
• 及时咨询：建议农民工在发放工资时向单位财务部门咨询相关税务事宜，或者咨询专业的税务人员，以确保准确计算应缴税额。

综上所述，农民工工资的个人所得税计算涉及多个因素，合理利用减税政策可以有效降低税负。希望这个解答能帮助您更好地了解农民工工资的个人所得税扣缴方式。