一般情况下，公司员工因为自身疾病在公司上班发病不算工伤。下面我为您详细解释：

1. 工伤的定义：

   • 工伤通常是指在工作时间和工作场所内，因工作原因受到的事故伤害或者患职业病。

2. 一般情况下的处理：

   • 员工上班时因自身疾病发作，如未达到工伤认定的特定情形（如突发疾病死亡或在48小时之内经抢救无效死亡），通常不被认定为工伤。这是因为自身疾病大多是由员工自身身体原因导致的，和工作本身没有直接联系。

3. 特殊情况下的处理：

   • 视同工伤的情形：依据《工伤保险条例》，在工作时间和工作岗位上，突发疾病死亡，或者在发病后48小时之内经抢救无效死亡的，这种情况视同工伤。
   • 工作诱发疾病：如果工作环境等因素诱发了员工的疾病，并且符合工伤认定的其他条件（如经过专业机构的鉴定，证明疾病与工作环境存在因果关系等），那么也有可能被认定为工伤。例如，长期在高温环境下工作导致中暑，或长期在粉尘环境工作患上尘肺病等。

4. 举例说明：

   • 假设小许在工作时间突然感觉身体不适，被同事紧急送往医院。经检查是自身疾病发作，经过治疗后康复出院。在这种情况下，小许只是自身疾病发作且未出现死亡或48小时内抢救无效死亡的情形，因此通常不算工伤。

5. 法律建议：

   • 对于公司员工因自身疾病在公司上班发病的情况，建议首先关注员工的健康状况，及时提供必要的医疗救助。
   • 同时，公司应咨询当地劳动行政部门或专业律师，根据具体情况判断是否符合工伤认定的条件，以便妥善处理后续事宜。

如果您或您所在的公司面临此类情况，欢迎随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供更具针对性的法律建议。