当员工已经自己交了社保，而后又加入公司需要由公司缴纳社保时，应按照以下步骤操作：

首先，员工需要办理个人社保的停止缴费手续。这是因为根据法律规定，为职工依法缴纳社会保险费是用人单位的法定义务，单位或个人不得以任何形式由职工个人继续以灵活就业的方式参保。员工可以携带身份证、《就业创业证》（或《就业失业登记证》或《劳动手册》）等相关材料，前往当地社区事务受理服务中心或通过线上服务平台，办理“灵活就业登记退出”和“个人停止缴费”手续。请注意，这一手续通常需要在每月的特定日期内（如5日至26日，法定节假日除外）办理。

在员工成功办理个人停止缴费手续后，公司就可以按照在职职工的方式为员工办理社保参保手续了。公司需要向当地社保经办机构提交员工的个人信息、劳动合同等相关资料，并按照规定缴纳社保费用。

此外，员工之前以灵活就业人员身份缴纳的养老保险费不会清零，无论是灵活就业转企业职工缴费还是失业中断缴费，前后的缴费年限和养老保险个人账户储存额都是累计计算的。

总的来说，从员工自己交社保转到公司交社保，需要员工先办理个人停止缴费手续，然后公司再按照在职职工的方式为员工办理参保手续。这个过程中，员工和公司都需要遵循相关的法律法规和操作流程。