关于合作社开具的农产品发票是否可以抵扣的问题，这主要取决于几个关键因素：商品的性质、购买方的用途以及发票的合规性。以下是对此问题的详细解答：

一、可以抵扣的情况

1. 自产自销农产品：

   • 如果合作社销售的是本社成员生产的农产品，并且开具了免税的农产品销售发票（通常是增值税普通发票），那么购买方在符合一定条件下可以抵扣进项税额。
   • 具体来说，如果购买方是一般纳税人，并且购进的农产品用于生产或者委托加工适用税率的货物，那么可以按照发票上注明的农产品买价和规定的扣除率计算抵扣进项税额。扣除率一般为9%，但如果用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，扣除率为10%。

2. 增值税专用发票：

   • 如果合作社是增值税一般纳税人，并且对外销售货物或提供应税劳务、应税服务时开具了增值税专用发票，那么购买方（一般纳税人）在用于增值税应税项目的情况下，可以凭票抵扣相应税额。

二、不可以抵扣的情况

1. 非农产品销售：如果合作社开具的免税发票并非针对农产品销售，则该发票不可用于抵扣。

2. 特定用途：即使购进的是农产品，但如果购买方将其用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或个人消费等，也不可抵扣。

3. 发票不合规：如发票未套印全国统一发票监制章、发票信息不真实或不完整等，均不得作为抵扣凭证。

三、注意事项与建议

1. 验证发票真实性：购买方在抵扣前应仔细核对发票的真实性、合规性以及发票上注明的农产品买价等信息，确保发票的有效性。

2. 保留相关凭证：购买方应妥善保存相关发票和抵扣凭证，以备税务机关核查，避免税务风险。

3. 咨询专业税务人员：对于复杂的税务问题或存在疑问的情况，建议咨询专业的税务人员，以确保税务处理的准确性和合法性。

综上所述，合作社开具的农产品发票能否抵扣增值税进项税额，需根据具体情况综合判断。在购买农产品及处理相关税务事宜时，企业应严格遵守税法规定，确保税务处理的合规性和准确性。