合作社是否可以开专用发票，这个问题主要取决于合作社的具体经营行为和所涉及的税收政策。以下是对这一问题的详细解答：

一、合作社销售本社成员生产的农业产品

根据《财政部 国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税〔2008〕81号)的规定，对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。由于这种销售行为是免税的，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的相关规定，发生应税销售行为适用免税规定的，不得开具增值税专用发票。因此，在这种情况下，合作社不能开具增值税专用发票。

二、合作社购进并销售非自产的农业产品

如果合作社购进并销售非本社成员生产的农业产品，那么这种销售行为就需要按照正常的增值税规定来处理。在这种情况下，合作社如果是一般纳税人，且购进了可以抵扣进项税额的农产品，那么在销售时是可以开具增值税专用发票的。不过，具体的税额计算和抵扣规则会根据购进农产品的来源和类型有所不同，需要参照相关的税收政策来确定。

三、特殊政策下的处理

此外，还需要注意的是，税收政策可能会随着时间和经济形势的变化而调整。因此，合作社在开具发票时，除了遵循上述一般原则外，还需要密切关注最新的税收政策动态，确保自己的开票行为符合规定。

四、建议与注意事项

1. 规范建账立册：合作社应加强自身的财务管理，建立健全的会计制度，确保能够准确核算各项经济业务。
2. 分开核算：对于自产和非自产的农产品，合作社应分开核算，以便准确计算税额和开具发票。
3. 及时咨询税务部门：在遇到复杂的税收问题时，合作社应及时咨询当地税务部门或专业税务机构，以确保自己的税务处理符合规定。

综上所述，合作社是否可以开专用发票取决于其具体的经营行为和所涉及的税收政策。在销售本社成员生产的农业产品时，由于享受免税政策，合作社不能开具增值税专用发票；而在购进并销售非自产的农业产品时，如果符合相关规定，合作社是可以开具增值税专用发票的。