关于建设工程环保税应该由谁缴纳的问题，我根据相关法律法规和实践经验，为您提供以下分析：
结论前置：建设工程环保税的缴纳主体通常是建设单位（含代建方），而非施工单位。建设单位应当承担施工扬尘的污染防治责任，并按照规定缴纳环境保护税。
法律依据与解释：
环保税缴纳主体：
- 根据《关于部分行业环境保护税应纳税额计算方法的公告》（如江苏省税务局公告2018年第21号）的相关规定，各类建设工程的建设方（含代建方）应当承担施工扬尘的污染防治责任，并计算应税污染物排放量，向施工工地所在地主管税务机关缴纳环境保护税。
税法原则：
- 根据《中华人民共和国环境保护税法》第二条，直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者为环境保护税的纳税人。在建设工程中，建设单位作为项目的发起者和最终受益者，通常被视为直接向环境排放应税污染物的责任主体。
实践操作：
- 在实际操作中，建设单位通常会在工程概算中纳入扬尘污染防治费用，并负责缴纳环保税。施工单位虽然负责具体的施工活动，但并不承担环保税的缴纳责任。
特殊情况说明：
- 尽管一般情况下环保税由建设单位缴纳，但在某些特殊情况下，如建设单位与施工单位之间有明确约定，或者根据当地税务机关的具体规定，施工单位可能会代为缴纳环保税。但这并不改变建设单位作为环保税缴纳主体的法律地位。
建议与行动：
- 如果您作为建设单位或施工单位对环保税的缴纳有疑问，建议及时咨询当地税务机关或专业律师，以获取准确的法律意见和税务指导。
- 在签订建设工程施工合同时，建议明确环保税的缴纳责任，以避免后续可能产生的法律纠纷。
综上所述，建设工程环保税的缴纳主体通常是建设单位。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。