对于非法取得施工证建设的房屋，即非法建筑，其处理方式主要遵循相关法律法规，并涉及多个部门和法律程序。以下是对此问题的详细解答：

一、非法建筑的认定

非法建筑通常指的是未取得合法建设手续或违反规划、土地管理等法律法规而建设的建筑物。具体来说，包括但不限于以下几种情形：

1. 擅自在耕地上建房，违反《土地管理法》的相关规定。
2. 违反“一户一宅”原则而多建的房屋，超出法律规定的宅基地标准。
3. 未经批准、未取得乡村规划许可证及其它用地审批手续，或者采取欺骗手段获得批准而建设的房屋。
4. 超出规定面积或超高建房，违反当地土地管理和规划的具体规定。

二、非法建筑的处理方式

对于非法建筑，相关部门将依据法律法规进行严肃处理，主要包括以下几种方式：

1. 责令停止建设与限期改正：

   • 规划部门或城乡规划主管部门有权责令停止建设，并要求限期改正违法行为。
   • 如果在规定期限内能够改正并符合规划要求，可以免于进一步的处罚。

2. 限期拆除与没收：

   • 对于无法采取改正措施消除影响的非法建筑，城乡规划主管部门将限期拆除。
   • 如果非法建筑不能拆除（如拆除会对周边建筑或环境造成更大损害），则可能面临没收实物或违法收入，并可能并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

3. 其他法律处罚：

   • 如果非法建筑违反了土地管理、城乡规划以外的其他法律，还将受到相关部门的相应法律处罚。

4. 民事诉讼与维权：

   • 如果非法建筑影响了他人的合法权益（如采光、通风等），受影响人可以通过民事诉讼要求排除妨害、赔偿损失等。

5. 行政复议与诉讼：

   • 非法建筑当事人对处罚决定不服的，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

三、实际案例与法律依据

以李某为例，其私下流转耕地并在未取得相关审批手续的情况下动工建房，被当地县级相关部门要求立即停工、限期拆除，并对被破坏的耕地进行治理，同时给予了罚款处罚。这一处理决定是基于《土地管理法》、《城乡规划法》等法律法规的明确规定。

综上所述，对于非法取得施工证建设的房屋，相关部门将依法依规进行处理，以维护城乡建设秩序和公共利益。同时，也提醒广大市民在建设项目时应严格遵守相关法律法规，确保建设活动的合法性和合规性。