核心结论：施工单位以在建工程为由侵占建设方房屋，建设方可通过协商、行政投诉、民事诉讼及刑事报案等途径维护自身权益。以下为具体处理方式及法律依据：

一、协商与书面催告

1. 协商解决
   建设方应首先与施工单位进行书面沟通，明确要求其停止侵占行为并限期腾退房屋。协商过程中需保留书面证据（如催告函、沟通记录），以证明已履行合理通知义务。
   法律依据：《民法典》第1165条（侵权责任）、第1177条（自助行为限制），建设方有权要求停止侵害，但不得采取非法手段自行处置。

2. 书面催告的必要性
   若协商无果，建设方需向施工单位发送正式《律师函》或《腾退通知书》，明确侵占事实、法律依据及后果（如诉讼、赔偿），为后续法律程序提供证据支持。

二、行政投诉与执法介入

1. 向建设主管部门投诉
   若施工单位存在违规占用场地、拒不撤场等行为，建设方可向当地住建部门或城市管理综合执法局举报，要求行政机关责令施工单位限期撤离。
   法律依据：《建筑法》第64条（违反施工现场管理规定的处罚），行政机关可对违规单位处以罚款、责令停工等措施。

2. 报警处理
   若施工单位采取暴力、威胁等手段阻碍建设方行使权利，或侵占行为涉嫌构成《刑法》第245条（非法侵入住宅罪）或第270条（侵占罪），建设方应立即报警，由公安机关立案侦查。

三、民事诉讼途径

1. 提起侵权之诉
   建设方可依据《民法典》第236条（返还原物请求权）、第1165条（侵权责任），以施工单位为被告，向法院起诉要求：

   • 停止侵占行为，腾退房屋；
     
   • 赔偿因侵占导致的损失（如租金损失、房屋损坏修复费用）；
     
   • 承担诉讼费用及合理维权支出。
     证据要求：需提供房屋产权证明、施工单位侵占事实的证据（如照片、视频、证人证言）、损失计算依据等。

2. 申请诉前财产保全或行为保全
   为防止施工单位转移财产或继续侵占，建设方可在起诉前向法院申请保全措施，要求施工单位停止侵占行为或冻结其等值财产。
   法律依据：《民事诉讼法》第104条（诉前财产保全）、第103条（行为保全）。

四、刑事报案与自诉

1. 刑事报案条件
   若施工单位侵占行为符合以下情形，建设方可向公安机关报案：

   • 非法侵入他人住宅（如房屋为居住用途）；
     
   • 以非法占有为目的，拒不退还房屋且数额较大（可能构成侵占罪）；
     
   • 采取暴力、威胁手段阻碍建设方行使权利（可能构成寻衅滋事罪）。
     注意：侵占罪为自诉案件，若公安机关不予立案，建设方可直接向法院提起刑事自诉。

2. 刑事附带民事诉讼
   在刑事案件审理过程中，建设方可同时提起附带民事诉讼，要求施工单位赔偿经济损失。

五、特殊情形处理

1. 在建工程抵押或查封情况
   若房屋因在建工程被抵押或查封，建设方需先通过协商或诉讼解除抵押/查封状态，再主张返还原物。否则，可能面临执行障碍。

2. 施工单位破产或失联
   若施工单位已破产或失联，建设方可向法院申请宣告其破产，并在破产程序中申报债权；或通过公告送达方式推进诉讼程序。

行动建议：

1. 立即固定证据（如侵占现场照片、视频、沟通记录）；
   
2. 发送书面催告函，明确要求限期腾退；
   
3. 同步向建设主管部门投诉并报警；
   
4. 委托律师起草起诉状及保全申请，尽快启动诉讼程序。
   

如有进一步问题，可直接向我咨询具体操作细节及证据收集要点。