当施工方损坏农民房时，您可以按照以下步骤来处理这个问题，以维护自己的合法权益：

一、明确损失与责任

首先，您需要明确房屋的实际损失，这包括修复房屋所需的费用以及因房屋损坏而带来的其他财产损失。同时，要确认施工方是责任方，即房屋损坏是由于施工方的行为直接导致的。

二、与施工方协商

1. 沟通协商：与施工方进行面对面的沟通，明确告知其房屋因施工受损的情况，并要求其承担修复或赔偿责任。
2. 保留记录：在协商过程中，注意保留相关记录，如聊天记录、通话录音等，以备后续需要。
3. 提出合理诉求：明确提出合理的诉求，比如要求施工方修复房屋到损坏前的状态，或者赔偿相应的损失金额。

三、固定证据

1. 拍照录像：对房屋损坏的现状进行拍照、录像，记录损坏的部位、程度等情况。
2. 保存产权证明：同时，保存好与房屋相关的产权证明等文件，以证明房屋的所有权。
3. 专业评估：如果可能的话，可以请专业的房屋评估机构对房屋的损坏程度及修复所需费用进行评估，并出具评估报告。

四、寻求政府帮助

1. 向政府反映：如果与施工方协商无果，您可以向相关政府部门反映情况，请求政府协调处理。
2. 政府监督：政府相关部门会积极介入，协调施工方与您之间的关系，监督施工方停止可能进一步损害房屋的施工行为，并要求其采取有效措施修复损坏的房屋。
3. 法律指导：若施工方拒绝承担责任或协商仍然无果，政府还可以指导您通过法律途径维护自身权益。

五、法律途径维权

1. 提起诉讼：如果协商和政府协调都无法解决问题，您可以向房屋所在地的基层人民法院提起民事诉讼，要求施工方承担恢复原状或赔偿损失的责任。
2. 准备证据：在诉讼过程中，要按照法院要求提交证据，包括房屋产权证明、损坏证据、评估报告等。
3. 参加庭审：积极参加庭审活动，维护自身合法权益。法院会根据事实和法律作出公正判决。

六、后续维权

1. 执行判决：如果法院判决施工方承担赔偿责任，但施工方拖延或拒绝支付赔偿款，您可以向法院申请强制执行。
2. 重新鉴定：如果对于房屋损坏程度的鉴定结果存在异议，您可以申请重新鉴定，以确保赔偿金额的合理性。

综上所述，当施工方损坏农民房时，您可以通过与施工方协商、固定证据、寻求政府帮助以及法律途径维权等方式来维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。