药监部门的高级职称医院聘用是合法的。但具体是否能够在医院被聘用，还需考虑实际的操作流程和相关规定。以下是对此问题的详细分析：

1. 职称的合法性：

   • 药监部门颁发的高级职称，如“药学副主任”资格证书，是合法有效的职称证明。这表示持证人具备了相应的专业水平和能力。

2. 医院聘用的可能性：

   • 医院在聘用人员时，会考虑其专业背景、职称、经验等多方面因素。如果持证人具备医院所需的专业技能和经验，且其职称被医院认可，那么医院是有可能聘用该持证人的。
   • 然而，实际聘用过程中可能会受到一些因素的影响，如医院的岗位设置、人员编制、聘用政策等。因此，具体是否能够被聘用，还需根据医院的实际情况而定。

3. 可能遇到的问题及建议：

   • 有时可能会出现职称不被医院认可的情况，如案例中提到的卫健系统不予认可从药监系统申报取得的资格证书。这可能是由于不同系统之间的规定差异导致的。
   • 在这种情况下，建议持证人先与医院沟通，了解医院的聘用政策和要求，再根据实际情况进行申请。如果确实存在职称不被认可的问题，可以尝试通过提供其他证明材料、参加医院组织的考试或培训等方式来提升自己的竞争力。

综上所述，药监部门的高级职称医院聘用是合法的，但具体是否能够被聘用还需根据医院的实际情况而定。如果持证人遇到职称不被认可的问题，可以与医院沟通并尝试提供其他证明材料来提升自己的竞争力。