农村邻居占用公共巷道建化粪池是违法的。针对这一行为，可以采取以下措施来妥善解决问题：

1. 协商沟通：

   • 首先，尝试与占用公共巷道的邻居进行友好协商，指出其行为违反了土地管理法规，并可能对其他村民的权益造成侵害。
   • 尝试说服其主动停止违法行为，恢复巷道原状，并可邀请村里有威望的长辈或村委会参与调解，以促成和解。

2. 查阅相关规定：

   • 通过查阅土地管理部门档案、相关法律法规及村里土地规划文件，明确公共巷道的性质、用途和管理规定。
   • 确认邻居建房行为是否违法，为后续处理提供法律依据，如《中华人民共和国土地管理法》的相关规定。

3. 行政途径：

   • 若协商无果，可向乡镇政府相关部门（如自然资源管理所、村镇建设办公室）举报。
   • 乡镇政府将调查核实情况，并依法作出处理决定，如责令拆除违法建筑、恢复巷道原状或指导重新办理审批手续。

4. 法律途径：

   • 若行政途径无法解决问题，且纠纷不属于土地承包经营范畴，但涉及相邻关系纠纷或排除妨害纠纷，可向人民法院提起诉讼。
   • 要求法院判决邻居停止侵权行为、恢复巷道原状并赔偿损失。

在处理过程中，应注重提高村民的法律意识和环保意识，通过宣传教育让村民了解土地管理法规的重要性，共同维护乡村的良好环境和秩序。如果你在此过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和支持。