劳动合同中设置违约金条款在一定条件下是合法的，但需严格遵循法律规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法情形
根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，以下两种情形下，用人单位可以与劳动者约定由劳动者承担违约金：
服务期约定：
- 用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
- 劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。例如，若公司花费5万元送员工参加专业培训，并约定5年服务期，员工工作2年后离职，则最多需支付3万元违约金（即5万元÷5年×3年未履行部分）。
竞业限制约定：
- 对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
- 劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。竞业限制期限不得超过二年，且适用于高级管理人员、高级技术人员及其他负有保密义务的人员。
二、不合法情形
除上述两种情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。例如：
- 不得以留住劳动者为由约定违约金：如“合同期内不得单方解除劳动合同，否则需支付违约金”的条款无效。
- 不得以其他名义变相收取违约金：如以押金、保证金等形式要求劳动者缴纳费用的行为均属违法。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 若用人单位违法约定违约金条款，该条款将被视为无效，劳动者无需承担违约责任。
- 用人单位可能因此面临劳动行政部门的处罚，如责令改正、罚款等。
建议：
- 审查合同条款：签订劳动合同时，劳动者应仔细审查违约金相关条款，确认其合法性。对于不合法的条款，有权拒绝接受并要求修改。
- 保留证据：若因违约金问题发生争议，双方应保留培训记录、竞业限制协议等证据材料，以便在劳动仲裁或诉讼中维护自己的权益。
- 依法维权：遇到非法违约金条款时，劳动者可通过劳动仲裁或诉讼途径维护自己的权益。同时，用人单位也应遵守法律规定，避免违法约定违约金条款。
四、法律依据
- 《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条至第二十五条明确规定了服务期、竞业限制及违约金的适用条件。
- 第二十六条规定，违反法律、行政法规强制性规定的劳动合同条款无效。
综上所述，劳动合同中的违约金条款是否合法，关键在于是否符合《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。在签订劳动合同时，双方应充分了解相关法律规定，并合理设定违约金条款，以确保合同的合法性和双方权益的保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。