用工合同中约定违约金在特定情况下是合法的，但并非所有情况下都允许约定违约金。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法性分析
服务期约定与违约金：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
- 如果劳动者违反服务期约定，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
竞业限制约定与违约金：
- 用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
- 对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
- 如果劳动者违反竞业限制约定，应当按照约定向用人单位支付违约金。
其他情况下的违约金约定：
- 除了上述两种情况外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。这意味着，在一般的用工合同中，如果双方没有约定服务期或竞业限制，那么约定违约金可能是不合法的。
二、实际操作建议
明确约定条件：
- 如果用人单位希望与劳动者约定违约金，必须确保符合法律规定的条件，如服务期或竞业限制。
- 违约金条款应当明确、具体，包括违约金的数额、支付方式、支付时间等。
合理确定违约金数额：
- 违约金的数额应当合理，不得过高或过低。过高的违约金可能被视为对劳动者的不公平限制，而过低的违约金则可能无法起到约束作用。
- 在确定违约金数额时，可以考虑用人单位的实际损失、劳动者的过错程度、劳动者的经济状况等因素。
遵守法律程序：
- 用人单位在与劳动者约定违约金时，应当遵守法律程序，如与劳动者协商一致、签订书面协议等。
- 如果发生争议，用人单位应当积极与劳动者协商解决，或者通过法律途径解决争议。
三、法律后果
如果违约金约定合法：
- 如果违约金约定符合法律规定的条件，且数额合理，那么当劳动者违反约定时，用人单位有权要求劳动者支付违约金。
如果违约金约定不合法：
- 如果违约金约定不符合法律规定的条件，或者数额过高、过低，那么该约定可能被视为无效。
- 在这种情况下，用人单位无法要求劳动者支付违约金，且可能面临法律风险。
举例说明：假设某用人单位为劳动者提供了价值5万元的专业技术培训，并约定了3年的服务期。如果劳动者在服务期内离职，那么根据约定，劳动者可能需要支付一定数额的违约金（具体数额根据服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用计算）。但如果双方没有约定服务期或竞业限制，而直接约定了违约金，那么该约定可能是不合法的。
总结来说，用工合同中约定违约金在特定情况下是合法的，但必须符合法律规定的条件。如果你在用工合同中遇到了违约金相关的问题，或者对违约金的合法性、数额确定等方面有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。