关于工厂调休是否合法的问题，这主要取决于调休的具体实施方式以及是否符合我国相关劳动法律法规的规定。
首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动法》以及《国务院关于职工工作时间的规定》，职工每日工作8小时、每周工作40小时，且用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。这是劳动者基本的休息休假权利，任何单位都不得侵犯。
在调休方面，如果工厂因为生产经营需要，需要安排劳动者在休息日工作，那么根据劳动法的规定，工厂应当首先安排劳动者补休，即调休。如果无法安排补休的，工厂则需要支付不低于工资200%的工资报酬给劳动者。这是法律对劳动者在休息日工作的一种补偿机制。
然而，如果工厂在调休过程中存在以下情况，则可能构成违法：
未与劳动者协商一致：工厂在安排调休时，应当与劳动者进行协商，并达成一致意见。如果工厂单方面决定调休，且未得到劳动者的同意，那么这种调休方式可能是违法的。
未支付加班费或调休不足：如果工厂在无法安排补休的情况下，未按照法律规定支付不低于工资200%的工资报酬给劳动者，或者虽然安排了调休但调休时间不足，那么这也可能构成违法。
违反调休程序：工厂在安排调休时，应当遵循一定的程序，如提前通知劳动者、记录调休情况等。如果工厂未按照程序进行调休，也可能引发法律问题。
针对您提到的具体案例（虽然未直接询问，但为提供全面解答而提及），如果工厂存在未单列加班工资、将加班费纳入绩效工资中且发放不符合法律规定、或者未安排调休等情况，那么这些行为都是违法的。劳动保障综合行政执法部门有权对此进行调查，并责令工厂依法整改。
综上所述，工厂调休本身并不违法，但必须符合我国相关劳动法律法规的规定。工厂在安排调休时，应当与劳动者协商一致、按照法律规定支付加班费或安排补休、并遵循一定的调休程序。如果工厂违反了这些规定，劳动者有权向劳动保障综合行政执法部门举报并要求赔偿。