关于“负绩效是否合法”的问题，这主要取决于绩效制度的设定和实施方式是否符合相关法律法规。

首先，我们需要明确一点，绩效制度本身并不违法，它是企业管理员工、激励员工的一种常见手段。但是，如果绩效制度的设定不合理，或者实施过程中存在违法行为，那么就可能引发法律问题。

具体来说，如果企业设定的绩效目标在客观上难以完成，且导致劳动者的收入出现剧烈波动，甚至将劳动者的基本工资也纳入绩效考核范围，进行扣除，这种做法就可能存在问题。例如，有些企业会要求员工签订不合理的绩效“责任状”，将全部经营风险转移给劳动者，免除自己的法定责任，排除劳动者权利。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，这种做法可能导致劳动合同无效或者部分无效。

另外，关于“每个月扣除一定比例应发工资作为绩效”的做法，也需要谨慎对待。一般来说，绩效工资应该是固定工资之外的奖励工资，根据工作完成情况额外发放或者不发。如果企业将应发基本工资的一部分作为预留绩效工资，并在年底视工作完成情况返还，甚至在中间离职时不返还，这种做法可能涉嫌克扣工资，违反了相关法律法规。

总结来说，负绩效是否合法，关键在于绩效制度的设定和实施是否合理、合法。如果绩效制度设定合理，能够真实反映员工的工作表现，且实施过程中没有违反相关法律法规，那么负绩效就是合法的。反之，如果绩效制度设定不合理，或者实施过程中存在违法行为，那么负绩效就可能不合法。

因此，我建议您在面对负绩效问题时，首先要仔细审查企业的绩效制度，了解其设定和实施方式是否合理、合法。如果存在疑问或争议，可以及时向当地的人力资源和社会保障部门咨询或投诉，以维护自己的合法权益。