当被起诉人已经入狱时，其涉及的诉讼程序并不会因此中止，而是会依法继续进行，以确保其合法权益不受影响。以下是对此情况的详细解答：
一、诉讼文书的送达
法院会按照法律规定的程序，通过挂号信、专门的司法送达渠道或者委托服刑地的监狱等相关机构，将起诉书副本、传票等诉讼文书准确送达到监狱，并由监狱负责转交给被起诉人。被起诉人在监狱工作人员的见证下签收相关文书，从而了解起诉的具体内容和开庭时间等关键信息，确保其对诉讼程序的知情权。
二、开庭安排
监狱内开庭：
- 对于一些简单、安全风险可控的案件，法院可以在与监狱协调后，在监狱内设置临时法庭进行开庭审理。这样，被起诉人无需被押解出监狱，直接在监狱环境内参与诉讼环节。
押解至法院开庭：
- 对于复杂、涉及重要证据或需要专业设备支持的案件，法院会与监狱协商安排将被起诉人押解至法院参加庭审。押解过程中，监狱和公安机关会密切配合，严格按照规定程序和安全标准执行，确保被起诉人的人身安全和庭审秩序。庭审结束后，被起诉人会及时被押回监狱继续服刑。
远程视频开庭：
- 如果被起诉人因特殊原因无法亲自出庭，还可以向法院申请远程视频开庭等方式进行审理，以确保诉讼程序的顺利进行。
三、被起诉人的权利保障
辩护权：
- 被起诉人在监狱中仍然享有获得辩护的权利。他可以自行委托律师为其辩护，也可以申请法律援助。律师可以前往监狱会见被起诉人，了解案件情况，提供法律咨询、收集证据、准备辩护策略等。
陈述和辩论权：
- 在庭审过程中，被起诉人有权就案件事实进行陈述，对对方的证据发表意见，进行辩论。法官会保障其充分行使这些权利，听取其辩解和诉求。
申诉权：
- 如果被起诉人认为判决不公或有其他合法理由，他享有申诉的权利。
四、判决执行
- 如果被起诉人被判定有罪需要执行新的刑罚，法院会根据判决结果与原服刑情况进行相应的刑期合并计算或调整执行方式。
- 如果判决涉及民事赔偿等义务，监狱会协助相关部门监督被起诉人履行判决义务，例如通过其在监狱内的劳动报酬等方式执行赔偿。
五、综合建议
- 对于原告而言，在起诉时应确定正确的起诉地点，并积极配合法院工作，提供充分的起诉材料和证据。
- 对于被起诉人而言，应充分利用自己的诉讼权利，如答辩、举证、质证等，以确保自身合法权益不受侵害。如果经济困难或符合法律援助条件，可以申请法律援助律师。
- 如果被起诉人委托了代理人参与诉讼，代理人应在授权范围内忠实履行职责，维护被告的合法权益。
综上所述，即使被起诉人已经入狱，其诉讼程序也会依法进行，并确保当事人的合法权益得到全面、有效的保障。法院和相关部门会依法保障其诉讼权益，确保司法公正和合法性。