结论前置：投标中标后，若发现项目经理有在建项目，这一行为可能违反招标文件规定及法律法规，导致中标无效、合同违约等一系列严重后果。具体是否违法及后果的严重性，需结合招标文件的具体要求、相关法律法规以及实际情况来综合判断。
一、法律法规及招标文件层面的分析
法律法规要求：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例，虽然并未直接规定项目经理在建工程的限制，但各地在招标实践中，招标文件通常会设定相关条件，明确项目经理在投标时不得有在建项目，以确保其能全身心投入新项目，保障工程质量和进度。
- 《注册建造师执业管理办法》明确规定，注册建造师不得同时在两个及以上建设工程项目上担任施工单位项目负责人。这一规定直接限制了项目经理的兼职行为。
- 《房屋建筑和市政基础设施项目工程总承包管理办法》也规定，工程总承包项目经理不得同时在两个或以上工程项目担任相应职务，包括施工项目负责人等。
招标文件要求：
- 招标文件是招投标活动的法律依据，其中关于项目经理的任职资格、在建项目限制等条款，对投标人具有法律约束力。若招标文件明确规定项目经理不得有在建项目，而投标人违反此规定，则可能面临中标无效、投标保证金被没收等后果。
二、项目经理有在建项目的法律后果
中标无效：
- 若招标文件明确规定项目经理不得有在建项目，而投标人违反此规定中标，招标人有权依据招标文件及法律法规取消其中标资格，并可能没收投标保证金。
行政处罚：
- 建设主管部门可对违规施工企业进行处罚，包括警告、罚款、限制市场准入等。这些处罚措施旨在维护建筑市场的公平竞争秩序，保障工程质量。
民事赔偿：
- 若因项目经理违规行为给项目或相关方造成损失，项目经理及其所属企业需承担相应的民事赔偿责任。这包括因工期延误、质量事故等造成的直接经济损失和间接经济损失。
三、对项目实施的影响及风险
进度与质量风险：
- 项目经理同时负责多个项目可能导致精力分散，无法全身心投入新项目，从而增加项目进度拖延和质量事故的风险。这不仅会影响项目的顺利实施，还可能给企业带来声誉损失和经济损失。
合同违约风险：
- 若中标合同中明确规定了项目经理的任职资格和在建项目限制等条款，而项目经理违反这些条款，则可能构成合同违约。这可能导致企业面临合同解除、赔偿损失等法律后果。
四、应对策略与建议
立即核实与评估：
- 中标后应立即核实项目经理是否存在在建项目，并评估其对本项目的影响。这包括向相关项目业主、建设管理部门核实项目经理的任职情况，以及评估在建项目对本项目的潜在影响。
积极沟通与协商：
- 与招标方保持密切沟通，共同探讨解决方案。如更换项目经理、调整项目计划等，以降低对项目实施的影响和风险。
审查合同条款与法律咨询：
- 仔细审查合同条款，明确双方权利义务。必要时，向我咨询具体、专业的建议和指导，以确保企业行为的合法性和合规性。
制定应急预案：
- 提前评估可能面临的法律风险，制定相应的应急预案和应对策略。这包括准备应对中标无效、行政处罚、民事赔偿等法律后果的措施和方案。
综上所述，投标中标后发现项目经理有在建项目是一个复杂且敏感的问题。企业应严格遵守相关法律法规和招标文件规定，确保项目经理的任职资格和在建项目情况符合要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。