不含税合同在双方同意且依法纳税的情况下是合法的，但需注意以下几点以确保其合法性和有效性：
一、合同自由与意思自治
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同内容由当事人自主约定，包括交易价格是否包含税款。在平等、自愿、公平的基础上，合同双方可以就合同的各项条款，包括价款是否含税等，进行协商并达成一致意见。只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么合同就是合法有效的。因此，从合同自由的角度来看，合同中注明不含税价格属于当事人意思自治的范畴，法律并不禁止。
二、纳税义务的法定性
税法明确规定了各类税种的纳税义务人以及纳税义务。无论合同如何约定价格，销售货物或者提供劳务等经营行为的纳税义务是法定的。这意味着，即使合同中注明了不含税价格，销售方仍然需要按照税法规定计算并缴纳相应的税款，如增值税、企业所得税等。购买方也可能需要根据实际情况承担一部分税款，这取决于双方的进一步约定。
三、合同条款的合法性与有效性
要判断合同中注明“不含税”的条款是否合法，还需考虑以下几个关键点：
交易或服务的纳税性质：如果根据相关法律法规，该交易或服务需要缴纳税款，那么合同中注明的“不含税”并不能免除双方的纳税义务。若因此导致未依法纳税，相关方可能会面临法律风险和税务部门的处罚。
法律法规的强制性规定：如果税法等相关法律明确规定某些交易或服务的价款应当包含税款，并且不允许通过合同约定来规避纳税义务，那么合同中注明“不含税”的条款就可能是违法的，这样的条款可能被视为无效。
合同的具体内容和上下文：在某些情况下，合同中注明“不含税”是为了明确交易价格中不包含税款的部分，以便双方更清晰地了解交易的实际成本。但这并不意味着可以逃避纳税义务，而是需要在合同之外另行处理税款的问题。例如，双方可以约定税款由哪一方承担，以及发票的开具等事宜。
四、实际操作中的建议
明确约定税务责任：在签订不含税合同时，双方应明确约定税款的承担方式、发票开具、税费政策调整的处理等事宜。这有助于明确各方的权利义务和税务责任，避免潜在的法律风险。
遵守税收法律法规：双方应严格遵守税收法律法规的规定，如实申报纳税，确保合同的履行符合税法要求。如果通过不合理的低价或其他不当手段来恶意逃避国家税收，这种约定可能会被认定无效，且相关方可能会面临法律责任。
咨询专业意见：鉴于合同注明不含税可能会引发一些税务风险和纠纷，建议在签订合同时，双方应咨询专业的法律顾问或税务专家，确保合同条款的合法性和有效性。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份货物买卖合同，约定价格为不含税价格。在合同中，双方明确约定了税款的承担方式为甲方承担，并约定了发票的开具等事宜。只要双方按照合同约定履行义务，并依法缴纳税款，那么这份合同就是合法有效的。但如果双方在合同中没有明确约定税款的承担方式，或者故意低报价格以减少应纳税额，那么这份合同就可能因违反税收法律法规的强制性规定而部分或全部无效。
综上所述，不含税合同本身并不违法，但在签订和履行过程中，双方应充分考虑税务因素，明确约定相关条款，确保合同的合法性和有效性。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。