在医疗期内协商解除劳动合同，经济补偿金的基数通常按照劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资来确定。以下是对这一问题的详细分析：

一、经济补偿金基数的确定原则

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，经济补偿金是按照劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资来计算的。这一原则同样适用于医疗期内协商解除劳动合同的情况。这里的“平均工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的应得工资总额，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入，且应按照劳动者应得工资计算，包括个人承担的社会保险费、住房公积金等。

二、特殊情况下的处理

1. 医疗期内的工资支付：

   • 在医疗期内，用人单位应按照劳动合同或集体合同的约定支付病假工资或疾病救济费。这些支付通常低于劳动者正常工作时的工资水平。
   • 然而，在计算经济补偿金基数时，应考虑的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的“平均工资”，而非仅仅是医疗期内的工资。如果医疗期内的工资低于正常工资水平，且这种低水平持续了较长时间，可能会影响经济补偿金的基数。但根据法律规定，应综合考虑整个十二个月的工资情况，而非仅看医疗期内的工资。

2. 协商解除的特殊性：

   • 协商解除劳动合同是双方自愿达成的协议，因此，在确定经济补偿金基数时，双方可以有一定的协商空间。但协商的结果不得违反法律的强制性规定，即经济补偿金的基数不得低于法定标准。
   • 如果双方协商确定的经济补偿金基数高于法定标准，这是允许的，且对双方都有约束力。

三、经济补偿金的计算公式

经济补偿金的计算公式为：经济补偿金 = 经济补偿金基数 × 工作年限。其中，经济补偿金基数为劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，工作年限为劳动者在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

四、注意事项

1. 确保工资计算的准确性：在计算经济补偿金基数时，应确保工资计算的准确性，包括所有货币性收入，并扣除个人承担的社会保险费、住房公积金等后的应得工资。
2. 遵守法律程序：协商解除劳动合同应遵守法律程序，包括签订书面协议、办理离职手续等。在协议中应明确经济补偿金的数额和支付方式等条款。
3. 寻求法律帮助：如果双方在协商过程中存在争议或无法达成一致意见，可以寻求法律帮助或咨询专业律师以维护自身权益。

举例说明：假设劳动者在劳动合同解除前十二个月的平均工资为8000元，工作年限为5年，那么经济补偿金应为8000元/月 × 5月 = 40000元。如果双方协商确定的经济补偿金基数为10000元/月（高于法定标准），则经济补偿金应为10000元/月 × 5月 = 50000元。

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