摩托车非法营运主要由交通运输管理部门负责监管和处理。以下是对这一问题的详细分析：

一、交通运输管理部门的职责

交通运输管理部门是负责道路运输市场监管的主要机构，其职责包括维护道路运输市场秩序，保障道路运输安全，以及打击非法营运行为等。摩托车非法营运，即未经许可擅自从事道路运输经营活动，显然违反了道路运输市场的正常秩序，因此交通运输管理部门有权对此进行监管和处理。

二、非法营运的定义与后果

非法营运通常指的是未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营活动的行为。对于摩托车非法营运，一旦被交通运输管理部门查获，可能会面临罚款、没收违法所得、扣押车辆等行政处罚。此外，如果非法营运行为情节严重，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。

三、其他相关部门的协作

虽然交通运输管理部门是摩托车非法营运的主要监管机构，但在实际处理过程中，也可能需要其他相关部门的协作。例如，公安机关交通管理部门可以协助交通运输管理部门查处非法营运车辆，对涉嫌犯罪的非法营运行为进行立案侦查等。

四、建议与提醒

1. 遵守法律法规：作为摩托车车主或驾驶员，应严格遵守国家关于道路运输的法律法规，不从事非法营运活动。
2. 了解政策动态：及时关注交通运输管理部门发布的政策动态和通知公告，了解非法营运的最新定义和处罚标准。
3. 积极配合监管：如果被交通运输管理部门查获涉嫌非法营运，应积极配合调查和处理工作，如实陈述事实、提供证据等。

如果您在摩托车非法营运方面遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。