商家拒绝合并开票属于违反发票管理规定的行为，您有权要求商家依法开具合规发票。若商家仍拒绝，可通过协商、投诉或法律途径解决。以下是具体分析和解决步骤：

一、法律依据与商家义务

根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条、第二十条：

1. 商家义务：销售商品或提供服务时，必须向消费者开具发票，且发票内容需与实际交易一致。
2. 合并开票合法性：若您在同一商家处发生多笔交易，且交易主体、项目相同，商家应合并开具一张发票（需注明每笔交易明细）。若商家以“系统限制”“财务规定”等理由拒绝，属于违法行为。

二、解决步骤

1. 与商家协商

• 明确需求：向商家说明需合并开票的原因（如报销、财务记录等），要求其按实际交易情况开具合规发票。
• 留存证据：保存交易记录（如订单截图、付款凭证）、与商家的沟通记录（如聊天记录、录音），以备后续维权。

2. 向税务机关投诉

• 投诉渠道：
  • 拨打12366纳税服务热线；
  • 通过当地税务局官网或“电子税务局”平台在线投诉；
  • 前往商家所在地税务局现场投诉。
• 投诉内容：提供商家名称、交易时间、金额、拒绝开票的证据，要求税务机关责令商家整改并处罚。
• 处理结果：税务机关将调查核实，若商家违规，可能面临罚款（最高1万元）、责令改正等处罚。

3. 法律途径

• 起诉条件：若商家拒绝开票导致您经济损失（如无法报销、税务风险），可向法院起诉，要求商家赔偿损失并履行开票义务。
• 诉讼流程：
  1. 准备证据：交易记录、沟通记录、损失证明（如报销单位拒收证明）；
  2. 撰写起诉状，明确诉求（如要求开票、赔偿损失）；
  3. 向商家所在地法院提交起诉材料，缴纳诉讼费；
  4. 等待法院审理并判决。

三、注意事项

1. 时效性：投诉或起诉需在交易发生后合理期限内提出（一般不超过3年），避免因超过诉讼时效丧失权利。
2. 合理诉求：合并开票需基于实际交易，若您要求将不同商家、不同项目的交易合并，商家有权拒绝。
3. 避免冲突：协商时保持冷静，避免与商家发生肢体或语言冲突，优先通过法律途径解决。

建议：先尝试与商家协商，若无效立即向税务机关投诉，多数情况下问题可快速解决。若涉及较大金额或复杂情况，可进一步向我咨询具体操作细节。