建设工程中的管理费在符合合同约定、行业规定及不违反法律法规强制性规定的情况下是合法的；反之，则可能构成不合法收费。以下是对此问题的详细分析：
一、合法的情形
法律法规及政策依据：
- 在我国建筑工程领域，相关法律法规明确允许建设单位或施工企业按照规定收取和列支工程管理费。例如，《基本建设财务管理规定》指出，建设单位管理费是项目筹建至竣工财务决算期间发生的合理管理性支出，这些费用对于工程项目的顺利进行至关重要。
基于合同约定：
- 工程管理费必须基于建设工程施工合同或其他相关协议的明确约定而收取。合同双方需在平等、自愿、公平的基础上，就工程管理费的收取标准、计算方式、支付时间等达成一致。此约定需严格遵守法律法规的强制性规定，一旦签订，对双方当事人均具有法律约束力。例如，管理费通常基于工程直接工程费乘以一定的管理费费率来计算，费率因项目类型、复杂程度及市场情况而异，这些都需要在合同中明确约定。
符合行业惯例：
- 收取的工程管理费应合理且符合行业惯例。这意味着费用的数额不应过高，应与市场上同类服务的收费标准相一致，确保收费的公正性和合理性。
二、不合法的情形
缺乏明确约定或违反约定：
- 若合同中未明确规定工程管理费的收取，或一方擅自改变合同约定的收费范围和标准，即构成违约或不当得利。在此情况下，收取工程管理费是不合法的。例如，如果合同中没有约定管理费，但施工方在结算时擅自增加了管理费项目，这就构成了违约。
违反法律法规强制性规定：
- 任何以管理费名义进行的非法转包、违法分包行为，或在计算和收取管理费时存在欺诈、胁迫等违法行为，均属不合法。例如，《建筑法》严禁承包单位将全部工程转包或肢解后以分包名义分别转包，若以收取管理费掩盖此类行为，则构成违法。
费用数额不合理：
- 如工程管理费的数额明显过高，超出合理范围，即使合同中有约定，也可能因违反公平原则而被视为不合法。此时，需结合市场情况和行业惯例进行综合判断。例如，如果管理费费率远高于市场平均水平，且没有合理的解释或依据，那么这部分费用就可能被视为不合法。
三、管理费与工程价款的关系
从法律和行业实践角度来看，管理费通常是工程价款计算的组成部分之一。工程价款是指发包人为取得承包人完成的建设工程成果而支付的对价，它涵盖了直接成本（如人工费、材料费等）、间接成本（如管理费）、利润和税金等。因此，在正常履行合同且符合约定的情况下，管理费应被视为工程价款的一部分，承包人有权在结算工程价款时主张相应的管理费。然而，在合同无效、约定不明或承包人未实际履行相关管理职责等特殊情况下，管理费是否应当支付以及支付的标准和范围就可能需要根据具体案件事实、法律规定以及合同约定等因素进行综合判定。
四、建议与注意事项
明确合同条款：
- 在签订建设工程施工合同时，应明确约定工程管理费的相关事项，包括收取标准、计算方式、支付时间等，以确保收费的合法性和合理性。
遵守法律法规：
- 在收取和列支工程管理费时，应严格遵守相关法律法规和政策规定，避免违法行为的发生。
保留相关证据：
- 在合同履行过程中，应保留好与管理费相关的证据材料，如合同、发票、支付凭证等，以备未来可能出现的纠纷之需。
及时咨询专业律师：
- 如果在合同履行过程中遇到关于工程管理费的争议或问题，应及时向我咨询，以便获得专业的法律意见和帮助。
综上所述，建设工程中的管理费合法性取决于合同约定、行业规定及法律法规的强制性规定。在签订合同时应明确约定相关事项，并在合同履行过程中遵守相关法律法规和政策规定，以确保收费的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。