结论：劳动合同中约定6天工作制是否违法，需根据具体的工作时间安排、周总工作时间、是否保障休息权以及是否依法支付加班费等因素综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、合法情形
符合法定工时：
- 若用人单位实行6天工作制，但能够确保每天工作时间不超过8小时，且每周总工作时间不超过44小时（根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条），同时保证劳动者每周至少休息一天（根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条），则这种6天工作制是合法的。
- 举例：公司安排周一至周六上班，每天工作7小时，总计42小时，且周日为固定休息日，这样的安排就符合法律规定。
特殊工时制度：
- 对于某些因工作性质和生产特点无法实行标准工时制度的企业，经劳动行政部门批准，可以实行不定时工作制或综合计算工时工作制等其他工作和休息办法（根据《国务院关于职工工作时间的规定》第五条）。
- 举例：交通运输、部分服务行业等因工作性质特殊需要连续作业的行业，在经过严格审批后，可能实行轮班制或其他工作和休息办法，此时6天工作制可能是合法的。
二、违法情形
超时加班：
- 如果6天工作制下，劳动者每天工作时间超过8小时，或者每周累计工作时间超过44小时，且用人单位未依法支付加班费，则构成违法。
- 举例：企业要求员工每天工作9小时，每周工作54小时，超出法定工作时间10小时，且未支付加班费，这种情况即属于违法。
未保障休息权：
- 即使每周工作时间未超标，但如果用人单位未能保证劳动者每周至少休息一天，也违反了法律规定。
- 举例：公司安排员工连续工作6天，且未安排任何休息日，即使每天工作时间未超过8小时，也构成违法。
未依法支付加班费：
- 在任何情况下，如果劳动者在法定工作时间外提供了劳动，用人单位都应依法支付加班费。这是保障劳动者权益的重要一环，也是判断6天工作制是否合法的重要因素之一。
- 加班费计算：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的150%的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬。
三、法律建议
审查劳动合同：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查工作时间条款，确保符合法律法规规定。
保留证据：
- 如发现用人单位存在违法安排工作时间的情况，劳动者应保留相关证据，如考勤记录、工资条等，以便在维权时提供证明。
及时维权：
- 若用人单位违法安排工作时间且未支付加班费，劳动者可以向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结：劳动合同中约定6天工作制是否违法，需根据具体情况综合判断。用人单位在安排工作时间时，应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。