鉴定机构退回鉴定申请，法院一般会根据退回的具体原因进行综合认定，常见认定情况如下：
- 因鉴定材料不完整、不充分退回
- 认定思路：法院首先会审查鉴定申请所附的材料。如果鉴定机构以材料不完整、不充分为由退回申请，法院会判断该情况是否属实。若确实存在材料缺失或不足以支撑鉴定的情况，法院会要求申请鉴定的当事人补充材料。例如在医疗纠纷鉴定中，如果缺少患者的完整病历资料，鉴定机构退回申请，法院会通知原告补充相关病历记录。
- 后续处理：在当事人补充材料后，法院会再次将申请和补充材料提交给鉴定机构。如果当事人无法补充必要材料，法院可能会认为鉴定无法进行，从而根据现有证据和法律规定对案件进行裁判。比如在一些产品质量鉴定中，如果关键的产品样本已经灭失且无法重新获取，法院可能就不再委托鉴定，而是依据其他证据来认定产品质量是否存在问题。
- 因鉴定事项超出鉴定机构技术条件或鉴定能力退回
- 认定思路：法院会对鉴定机构的资质和业务范围进行审查。如果鉴定机构明确表示鉴定事项超出了其技术条件或鉴定能力，法院会核实该鉴定机构是否确实不具备相应的鉴定能力。例如，对于一些新型的、复杂的网络犯罪技术鉴定，如果当地普通的司法鉴定机构没有相关的技术设备和专业人员，退回申请是合理的。
- 后续处理：法院会重新寻找有相应资质和能力的鉴定机构进行委托鉴定。在选择新的鉴定机构时，法院会充分考虑其专业水平、信誉等因素，确保鉴定结果的准确性和权威性。比如对于涉及高端生物技术的鉴定，法院会选择在该领域有丰富经验和先进设备的专业鉴定机构。
- 因当事人不配合鉴定工作退回
- 认定思路：法院会调查当事人不配合的具体情况。如果是因为当事人无正当理由拒绝提供必要的协助、拒绝到场等行为导致鉴定机构退回申请，法院会认定该当事人的行为妨碍了诉讼程序的正常进行。例如在伤残鉴定中，被鉴定人无正当理由拒绝到指定的鉴定机构进行身体检查，导致鉴定无法进行。
- 后续处理：法院会根据具体情况对不配合的当事人采取相应的强制措施或制裁措施。对于情节较轻的，法院可能会对其进行训诫；对于情节严重的，法院可以对其处以罚款、拘留等强制措施。同时，法院也可能会根据现有证据和法律规定，对相关事实作出不利于不配合当事人的认定。
- 因鉴定机构自身原因（如内部管理问题、人员变动等）退回
- 认定思路：法院会要求鉴定机构说明退回申请的具体内部原因。如果鉴定机构不能提供合理的解释，或者其内部原因明显不合理，法院可能会对鉴定机构的公信力产生质疑。例如，鉴定机构因为内部人员调动，导致鉴定工作无法按时开展而退回申请，但这种调动并非不可克服的困难。
- 后续处理：法院可以要求鉴定机构克服内部困难，继续完成鉴定工作。如果鉴定机构确实无法继续鉴定，法院会重新选择其他合适的鉴定机构进行委托，并可能会对原鉴定机构的不当行为进行记录或向相关部门反映。