结论：单位在员工因腰椎间盘突出休假两个月时，一般不可以直接解除劳动合同，但具体还需根据员工是否属于医疗期、是否符合解除劳动合同的法定情形等因素综合判断。
分析如下：
医疗期内的保护：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，企业应根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗期。在医疗期内，企业不得随意解除劳动合同。
- 腰椎间盘突出若被认定为需要医疗休养的疾病，且休假两个月在医疗期内，那么单位在此期间解除劳动合同是违法的。
解除劳动合同的法定情形：
- 根据《劳动合同法》，单位解除劳动合同需符合法定情形，如员工严重违反公司规章制度、严重失职给单位造成重大损害、被依法追究刑事责任等。
- 员工因腰椎间盘突出休假，并不属于上述法定解除劳动合同的情形。因此，单位不能仅凭此理由解除劳动合同。
特殊情况下的解除：
- 如果员工在医疗期满后，不能从事原工作，也不能从事由单位另行安排的工作，且经过劳动能力鉴定委员会确认丧失或者部分丧失劳动能力，单位可以提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。但这种情况需要严格的法定程序和证据支持。
- 另外，如果员工存在《劳动合同法》第三十九条规定的情形（如严重违反规章制度等），单位可以解除劳动合同，但这与腰椎间盘突出休假无直接关联。
法律建议：
- 员工方面：如果单位在医疗期内或无正当理由解除劳动合同，员工可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
- 单位方面：在处理员工因病休假问题时，应严格遵守相关法律法规，确保员工的医疗期权益得到保障。如需解除劳动合同，应确保符合法定情形和程序，避免引发法律纠纷。
可能后果：
- 如果单位违法解除劳动合同，可能需要支付赔偿金给员工，赔偿金的标准根据员工的工作年限和工资水平确定。
- 员工还可能要求单位继续履行劳动合同或者恢复劳动关系，并要求单位支付违法解除劳动合同期间的工资损失。
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